Según algunos investigadores Domenicos Theotocopoulos El Greco pudo pintar este San Sebastián para su capilla funeraria. En el inventario de sus bienes se mencionan cuatro versiones sobre este tema, que es una imagen muy recurrente en su producción.

La vida de este santo la relató el arzobispo hagiógrafo Jacobo de la Vorágine en su Leyenda Dorada, historias que fueron muy utilizadas como fuente literaria por los artistas en sus pinturas.

San Sebastián era centurión en los tiempos del emperador Diocleciano, y su oficio consistía en dar escolta a los emperadores. Por alentar a sus amigos Marcos y Marcelino a permanecer fieles a la fe cristiana fue denunciado, y el emperador mandó que lo ataran a un árbol para que los arqueros dispararan sus arcos y lo mataran a flechazos. Según la fuente antes referida "lo dejaron convertido en una especie de erizo". Pero Sebastián no murió: alguien lo desató y le curó sus heridas. Una vez restablecido continuo su misión de reprochar la crueldad de Diocleciano hacia los cristianos. Éste, asombrado porque lo creía muerto, dio la orden de flagelarlo y apalearlo hasta confirmar su muerte. Luego para que los cristianos no pudieran recuperar su cuerpo, fue arrojado a la Cloaca Máxima de Roma. Pero el santo se apareció a santa Lucía, mientras ésta dormía, y le reveló el lugar donde estaba su cuerpo para que le dieran santa sepultura.

Los pintores habitualmente utilizaron el primer martirio para su iconografía, con total ignorancia del segundo. Desde el Renacimiento italiano es común presentar a Sebastián sin ropas, atado a la columna y atravesado de flechas: pretexto artístico que los artistas emplearon para recrearse en el estudio del cuerpo desnudo.

El pintor cretense, en esta magnífica obra tardía, también representó de ese modo al centurión. Se recreó en unas formas corporales alargadas, características del estilo de este artista, con sus brazos atados a un tronco de árbol. La composición tiene un punto de vista bajo que deja vislumbrar, como en una aparición, la ciudad de Toledo.

El fragmento superior de esta obra fue un regalo al Museo de la condesa viuda de Mora y marquesa de Casa-Riera en diciembre de 1959. La parte inferior, un fragmento con unas piernas que se sospechaba que eran de un san Sebastián, aparece en una colección sevillana en 1962. Lo compró el Museo del Prado en 1987. Se desconocen las razones por las que el lienzo sufrió semejante mutilación.