Se encuentra situada a 1.263 metros de altitud, en la población leridana de Boí. Es la iglesia mas antigua del Valle, ya que se encuentra documentada en el 1079.

Iglesia románica de los siglos XI y XII con modificaciones posteriores. Se incluye dentro del primer grupo de iglesias construidas en el valle de Boí, durante el siglo XI, como parte de Sant Climent y Santa Maria de Taüll, Santa Eulalia de Erill la Vall o Sant Feliu de Barruera.

Es un edificio de tres naves separadas por arcadas que descansan sobre gruesos pilares cilindricos. Cubierta de madera y pizarra de doble vertiente y cabecera formada por dos absidiolos semicirculares cubiertos con bóveda de cuarto de esfera y ábside central modificado durante las reformas que sufrió el edificio en los siglos XVII y XVIII.

El campanario, adosado a la fachada sur, es de planta cuadrada y tres pisos de altura; los dos primeros niveles presentan la típica decoración lombarda con arquerias ciegas. El último piso es un sobrealzamiento posterior construido después de la mutilación que sufrió el campanario.

En la fachada norte se abre el portal original del templo. En un principio, esta fachada estaba cubierta por un pórtico que protegió la pintura mural exterior (s.XII); los originales se conservan en el Museo Nacional de Arte de Cataluña. Actualmente en la iglesia se pueden ver unas copias.

El importante conjunto de pinturas murales que se encontró en Sant Joan de Boí, datan del primer cuarto del siglo XII. Los originales también se conservan en el Museo de Arte Nacional de Cataluña, la mayoria de los fragmentos fueron arrancados entre los años 1919 y 1923. En la última restauración se hicieron copias de todos los fragmentos conservados, entre los que destaca la escena de la lapidación de San Esteban y el grupo de animales del bestiario del intradós de los arcos de separación de las naves.