El entierro de Cristo de Rafael es otro cuadro rodeado de curiosas circunstancias históricas. Fué pintado por encargo de Atalanta Baglioni, en memoria de su hijo Grifonetto -muerto en 1500 en el transcurso de las luchas intestinas que se desarrollarón en Perugia-, para la capilla que dicha familia poseia en la iglesia de San Francesco.

La tabla, que sería coronada por una composición de Domenico di Paris Alfano y completada con una predela en grisalla en la que aparecen las virtudes teologales, quedó concluida tan sólo en 1507, de modo que su realización tuvo lugar en Florencia, tal vez con la colaboración del artista antes citado.

El esquema general de la composición deriva de la Piedad de Perugino, pintada en 1495, que se conserva en la Galeria Pitti de Florencia, si bien el tratamiento de las figuras, sintético y expresivo, es puramente rafaelesco. Existe, además, un proposito por plasmar las tensiones anatómicas, el esfuertzo fisico, que preludia claramente el manierismo y que debe atribuirse a la influencia de Miguel Angel.

El pintor realizó gran numero de dibujos preparatorios para cada una de las figuras, los cuales se conservan en el Ashmolean Museum de Oxford, Museo Britanico, Galeria de los Uffizi y Museo del Louvre. Prueba del éxito obtenido por el cuadro la proporcionaran numerosas copias antiguas del mismo, así como la utilización de algunos de sus elementos compositivos por otros artistas del momento. Su ingreso en las colecciones de Scipione Borghese tuvo lugar en marzo de 1608 y en circunstancias irregulares. El joven cardenal había quedado impresionado, cuando su visita a Perugia, por la belleza de la obra, de modo que pidió a los frailes menores que regentaban la iglesia de San Francesco que se la remitieran a Roma. Sus deseos se cumplierón con nocturnidad y sigilo, lo que no evitó en la ciudad una violenta reacción popular.

El pontifice Paulo V se vió obligado, para calmarla, a enviar un breve en el que dictaminaba que la propiedad del cuadro correspondía a su sobrino el cardenal Scipione Borghese y ordenó al Cavaliere d'Arpino realizar una copia del original, la cual fué colocada en la capilla Baglioni, donde se conserva todavía.