La ciudadela era un recinto fortificado donde se guardaban y se custodiaban, armas, pólvora y pertrechos militares, necesarios para la defensa de la ciudad en caso de que esta fuera atacada. En origen era conocida como la Casa de Armas, más tarde desde el siglo XVIII renombrada como la Ciudadela. Se ubicaba junto al convento de Santo Domingo y junto a la puerta del Mar.

La Casa de Armas fue construida en 1574 por el virrey de Valencia, Íñigo López de Mendoza (r. 1572 - 1575), III marqués de Mondejar, como un conjunto de edificaciones que se alzaban alrededor de la torre de L'Esperó (el espolón), una de las antiguas torres de la muralla cristiana construida en el siglo XIV. Según crónicas de autores valencianos, la casa de armas era utilizada para guardar pólvora, armas y pertrechos militares, necesarios para la defensa de la ciudad en caso de ataques de los piratas turcos y berberiscos que asolaban el Mediterráneo.

En el siglo XVIII con la llegada de la dinastía Borbón a los reinos de España y la Guerra de Sucesión (1701-1714), la Casa de Armas pasará a denominarse la Ciudadela. Para ello se construyó un bastión con torreón y foso, mirando hacia la ciudad. En 1707 una vez tomada la ciudad por las tropas del rey Felipe V, este mandó situar en el torreón, dos de los cañones que se guardaban en su recinto, con la boca de fuego mirando al interior de la ciudad, en una clara señal de advertencia de lo que podía ocurrir si a los valencianos se les ocurría alzar la voz.

En la ciudadela se sitúo una placa que decía: “Felipe V rey de las Españas, vencidos los enemigos de Almansa, ocupada Valencia y perdonados sus habitantes por su clemencia, hizo esta obra para la seguridad de la ciudad y del reino. Año 1707”. Esta irónica placa sería arrancada el 14 de noviembre de 1808 en los inicios de la Guerra de la Independencia (1808-1814).

La ciudadela empezó a ser demolida el 18 de septiembre de 1901 ante la escasa utilidad que sus instalaciones proveían a la defensa de la ciudad, además de que las murallas habían sido demolidas en 1865 y el nefasto y amenazante torreón lo había sido en 1841. La orden de demolición de la Ciudadela fue firmada por el capitán general Luis Manuel Pando Sánchez (1901-1902). Sobre los solares que quedaron libres tras su derribo, el arquitecto José María Manuel Cortina Pérez construyó de nueva planta, un cuartel para el arma de artillería. Este cuartel sería demolido en 1958 y sobre el solar se construyeron edificaciones de viviendas que todavía permanecen.

Uno de los hechos más lamentables que vivió la Ciudadela, tuvo lugar el 5 de junio de 1808, al inicio de la Guerra de la Independencia, cuando cerca de 400 franceses que vivían en la ciudad fueron encarcelados, en principio para su seguridad, pero que finalmente fueron asesinados por elementos incontrolados con una clara permisividad de las autoridades valencianas.