Nació en el Palacio Ducal de Gandia (Valencia) el 28 de octubre de 1510 y falleció en Roma el 30 de septiembre de 1572 a los sesenta y dos años. III General de la Compañía de Jesús, IV duque de Gandia desde 1543, Caballero de la Orden de Santiago (1539) y Grande de España. Fue biznieto del papa Alejandro VI (Rodrigo de Borja) por línea paterna y del rey Fernando el Católico por línea materna. Hijo de Juan de Borja y Enríquez de Luna, III duque de Gandia y de Juana de Aragón y Gurrea. Bautizado en la Colegiata de Gandia.

Como noble que era, fue educado en la corte del emperador Carlos I de España, encontrándose entre 1522 y 1525 en Tordesillas al servicio de la reina Juana I de Castilla, madre del emperador y de su hija la infanta Catalina. En 1528 se incorporará al sequito del rey Carlos I. Fue nombrado por el rey gentilhombre de la Casa de Borgoña y acordó su matrimonio con Leonor de Castro de Mello Barreto y Meneses (1512- 1546) dama de la reina Isabel de Portugal (1503-1539) esposa de Carlos I. Contrajeron matrimonio en 1529 en el Alcazar Real de Madrid y tuvieron ocho hijos. Francisco de Borja se convirtió en consejero y hombre de confianza del rey y caballerizo mayor de la reina. En junio de 1539 fue nombrado Virrey de Cataluña cesando en 1543 a la muerte de su padre.

El 1 de mayo de 1539 muere en el Palacio del conde de Fuensalida de Toledo con 36 años de edad la emperatriz Isabel de Portugal. Francisco de Borja es el encargado de organizar la comitiva y el traslado del cadáver hasta la Capilla Real de Granada donde tenía que ser enterrada. Según costumbre y antes de ser introducida en el sepulcro, se abrió el ataúd y Francisco de Borja pudo comprobar el estado de descomposición de la reina que en vida había sido muy bella. Desde ese mismo momento hizo voto de "No servir nunca más a un señor que pudiese morir", considerándose este momento como el punto de inicio de su conversión.

"He traído el cuerpo de nuestra Señora en rigurosa custodia desde Toledo a Granada, pero jurar que es ella misma, cuya belleza tanto me admiraba, no me atrevo. [...] Sí, lo juro (reconocerla), pero juro también no más servir a señor que se me pueda morir".

En 1543 fallece su padre y Francisco de Borja, nuevo duque, tiene que hacerse cargo de sus Estados en el Reino de Valencia. Como nuevo duque estableció contacto con miembros de la recién creada Orden de Jesús (los jesuitas). En Gandia su ciudad natal, fundó el Colegio Jesuita que sería el primero en recibir alumnos seglares, luego convertida en Universidad. Reparó las murallas de la ciudad con el fin de repeler los ataques de los piratas berberiscos, rehabilitó el Hospital de San Marcos, fomentó el cultivo de la caña de azúcar (base de la prosperidad del ducado) y protegió al Monasterio de Clarisas de Gandia.

El 27 de marzo de 1546 muere su esposa Leonor de Castro y considerándose libre de todas cargas familiares decide el 2 de junio de ese mismo año ingresar en la Orden de Jesús y cumplir su palabra de no servir a ningún señor que pudiese morir. No obstante el General de la Orden, Ignacio de Loyola le aconseja que demore sus inquietudes y antes terminase con la educación de sus hijos y finalizase los estudios de Teología en la Universidad de Gandia que había fundado, además de recomendarle que mantuviera sus expectativas en secreto. Ignacio de Loyola le dio permiso para que hiciese en privado la profesión cosa que hizo el 1 de febrero de 1547. En 1550 libre ya de todos sus compromisos adquiridos marcha a Roma para entrevistarse con el General de la Compañía y por fin ingresa de forma oficial y pública en la Compañía de Jesús a los treinta y nueve años. Marcha de Gandia un 30 de agosto de 1550 para no regresar jamás.

Cedió el ducado y sus intereses en favor de su hijo Carlos de Borja y Castro (1530-1592) e ingresó en la Compañía. En 23 de mayo de 1551 recibió la ordenación sacerdotal en la iglesia de Santa María Magdalena de Oñate (Guipuzcoa). Carlos I lo propuso al cargo de cardenal pero lo rechazó.

En 1554 era comisario general de los jesuitas de España y en 1565 a la muerte de Pedro Laínez (II general de la Orden entre 1558 y 1565) fue nombrado Prepósito General de la Compañía de Jesús (Padre General) III General de la Orden después de San Ignacio de Loyola y de Pedro Laínez. Fue nombrado con 31 votos a favor y solo 8 en contra del total de treinta nueve.

Francisco de Borja revisó las reglas de la Orden y se preocupó de que cada provincia jesuítica tuviese su noviciado. Fundo en Roma el noviciado de San Andrés del Quirinal donde estudiaron famosos jesuitas como San Estanislao Kostka, Piotr Skarga y Claudio Aquaviva, futuro general de la Orden.

Durante su mandato se crearon numerosos colegios y se remodeló la Iglesia del Gesù en Roma considerada como la madre de todas las iglesias de la Compañía de Jesús. También fueron muy activos en la lucha contra la reforma protestante y en la actividad misionera en lugares lejanos (Florida, México, Brasil, Perú, China y otros países del Extremo Oriente) donde en ocasiones fueron asesinados.

En 1624 el papa Urbano VIII beatificó a Francisco de Borja y en 1671 el papa Clemente X lo canonizó con el nombre de San Francisco de Borja. Es santo patrón de Gandia desde 1673 y de otras ciudades y pueblos de la America Hispana.