La Virgen con corona sostiene sobre la rodilla izquierda al niño Jesús, mientras que con la otra mano sostiene un ramo de vid de donde procede su nombre. Los lienzos que adornan el retablo representan los misterios de la Virgen. En el interior de la hornacina realizada en el siglo XVIII donde se encuentra la Virgen encontramos diversos espejos que permiten ver la imágen de la Virgen y su rostro desde distintos angulos.

En los muros laterales de la Capilla Mayor encontramos las urnas funerarias (siglo XVIII) del cardenal don Iñigo Lopez de mendoza y de su hermano Francisco de Zuñiga, tercer conde de Miranda del Castañar. Sobre la urna del cardenal figura la inscripción: "Aqui yace el Eminentísimo Sr.Cardenal don Iñigo López de Mendoza, obispo de Burgos y Abad de este monasterio. Fundador de la capilla mayor de esta iglesia, y del hospital de esta villa. Falleció el año 1533. Fue depositado su cadáver en el Convento de Aguilera y concluida la capilla mayor de esta iglesia se trasladaron sus huesos a este mismo sitio. Año de 1579". En el lado de la epistola sobre la urna de su hermano figura una inscripción de similares caracteristicas que nos dice que allí descansan los restos de Francisco de Zuñiga Avellaneda, conde de Miranda, que mandó hacer la capilla mayor de la iglesia ayuntadamente con su hermano el cardenal, habiendo fallecido en 1536.

Tres rejas obra de Juan Rodríguez, natural de Osma y terminadas en 1594, separan el espacio de las tres naves con el transepto de la iglesia. La rejas que tienen el mismo tamaño que las naves que le corresponden, disponen de pequeñas puertas de comunicación. En la reja central dos puertas, en las laterales una por cada nave lateral. Contiguo a la verja central dos púlpitos tambien de hierro del siglo XVII.

Los retablos de los altares situados debajo del crucero, son obra del siglo XVII, asi como las esculturas de las trompas del cimborrio.

Entre 1723 y 1737 se contruyen los tres últimos tramos de los pies, el coro alto y la espadaña. De entre los arquitectos que trabajaron en este periodo destacar el nombre del cantabro Diego de Horna Solar. El 18 de mayo de 1738 el obispo de Solsona don José Esteban de Noriega consagra la iglesia.

A los pies de la iglesia se situa el coro alto. Ocupa los dos últimos tramos de los pies y ocupa todo el ancho de las tres naves. Este se sustenta sobre arcos carpaneles y sobre los pilares de las naves del templo. La sillería de nogal es obra de Antonio y Pedro Quintana y fue realizada en 1665 en estilo barroco atemperado. Se compone de dos cuerpos y la forman 58 asientos separados por columnillas salomónicas. Las misericordias se adornan con motivos vegetales, zoológicos y heráldicos monacales. Destaca sobre todo el conjunto, la silla del abad situada en el coro alto. En el asiento situado debajo del sitial del abad, encontramos un relieve con la representación de la imposición del escapulario a San Norberto. Sin embargo en el respaldo del sitial del abad encontramos una hornacina en cuyo interior y separados por tres pares de columnillas salomonicas encontramos un relieve de San Agustin que en realidad se corresponde a San Norberto, pero que en 1865 cuando los agustinos se hicieron cargo del monasterio fue transformado.

La portada de la iglesia orientada hacia el oeste fue levantada en el siglo XVIII por Domingo de Izaguirre y Diego de Horna en sustitución de la anterior gótica. La misma se encuentra enmarcada por un gran arco de triunfo que forma la parte inferior de la espadaña.

La portada está formada por dos cuerpos, en el superior encontramos la imagen en piedra de Nuestra Señora de la Vid en el interior de una hornacina con cubierta avenerada. Flanquean la hornacina una pilastra y una columna en cada uno de los lados.

En el cuerpo inferior encontramos la puerta formada por un arco de medio punto flanqueada por columnas que se levantan sobre un basamento. Este cuerpo sostiene el entablamento sobre el que se levanta el segundo cuerpo. En la parte superior encontramos un frontón partido.

Sobre esta portada se levanta la gran espadaña churrigueresca de 33 metros de altura, terminada en 1738 y que domina el conjunto monacal. Formada por tres cuerpos de campanas en altura decreciente; en el cuerpo inferior encontramos un gran óculo que permite la iluminación del coro. Flanquean este óculo dos escudos de la casa ducal de los Peñaranda. Por encima del óculo tres vanos en arco de medio punto que alojan tres campanas, más arriba dos vanos de iguales caracteristicas con dos campanas y en lo más alto un cuerpo con un sólo vano y una sóla campana.

Destacar como ya hemos mencionado que el óculo de la fachada principal de la iglesia sirve para iluminar el coro, pero además la luz que penetra por el mismo permite un curioso efecto luminoso ya que en un determinado momento del día, la luz solar penetra por el circulo e incide directamente sobre la imágen de la Virgen de la Vid que se encuentra en el Retablo Mayor iluminandola.

Al exterior destaca el gran ábside poligonal con sus poderosos contrafuertes. Destaca sobre ellos labrados en piedra los escudos nobilidarios de la casa condal de los Miranda del Castañar (los Zuñiga y los Avellaneda), promotores de las obras de la iglesia en el siglo XVI.

Claustro del pozo, Claustro Viejo o Claustro grande Dieron comienzo las obras en 1517 sobre el anterior claustro románico. De planta cuadrangular, está formado por dos pisos. El claustro bajo conserva la traza original y lo forman siete tramos por panda. Estas se cubren con bóvedas estrelladas que apoyan en mensulas con cabezas de ángeles.

Los grandes arcos de medio punto que asoman al jardin en origen estaban abiertos, pero en el siglo XVIII fueron cegados y se abrieron en ellas ventanas adinteladas con decoración en la parte superior hecha en piedra y que adoptan formas de celosía.

En el centro del jardin encontramos un pozo. Desde este claustro podemos ver un reloj de sol con la fecha de terminación de las obras.

El claustro alto fue realizado en el siglo XVIII sobre el anterior del siglo XVI. Lo forman siete ventanales con arcos de medio punto flanqueados por columnas y pilastras jónicas.

En la panda oriental del claustro bajo se conserva la fachada de la antigua sala capitular románica del siglo XII. Se conserva la portada de entrada formada por un arco de medio punto apoyadas en columnas con capiteles con decoración vegetal. A ambos lados dos ventanas biforas, cuyos parteluces lo forman una triple columna una de ellas torsa. El ventanal de la derecha es original mientras que el situado a la izquierda es una reconstrucción con algunos elementos (capiteles) originales.

La Sacristía Ocupa una de las salas del claustro, tiene planta rectangular y es obra realizada por Juan de la Verde en 1625 bajo el mandato del abad Bernardo de León. La sala se cubre en sus tres tramos con bóveda de cañón con lunetos. Una moldura recorre el tercio superior de la sala.

En su interior destaca la cajoneria en madera de nogal realizada en el siglo XVII y la mesa central realizada en el XVIII. La estancia se adorna con doce lienzos fechados en el siglo XVI representando a los Apóstoles y que fue donación del duque de Peñaranda.

El refectorio Construido en el lado norte a mediados del siglo XVIII, es una gran sala rectangular (36 x 7 m.) que se cubre con cinco tramos con bóvedas de arista en cuyas claves vemos simbolos del monasterio. En uno de sus muros encontramos el púlpito en piedra donde se realizaban las lecturas durante las comidas. El acceso se realiza por una escalera empotrada por el interior del muro. Preside la estancia un lienzo de la Última Cena del siglo XVIII de la escuela veneciana.

Biblioteca Situada en una sala encima del refectorio, fue la última de las obras realizadas en el monasterio (1798). Se trata de una sala rectangular de 32 x 7 metros, que se cubre con bóveda de cañón de siete tramos y lunetos de iluminación. La decoración de la bóveda se compone de simbolos abaciales, coronas y motivos vegetales. En el centro una representación del Espiritu Santo en forma de paloma de la que sobresalen haces de rayos. Preside la estancia un lienzo de la Inmaculada.

Los muros laterales de la biblioteca se cubren en su totalidad por estanterias de madera ordenadas en dos pisos en las que se guardan los libros que a lo largo de toda su existencia se han ido conservando en el monasterio. Salvedad hay que hacer del expolio sufrido por la biblioteca durante el periodo que el monasterio fue abandonado durante la desamortización.

Museo El monasterio dispone de dos salas museisticas localizadas en salas independientes y además en distintas zonas abiertas al claustro. La sala dedicado a ornamentos liturgicos y obras mueble (pintura y escultura) se localiza en la parte oeste del claustro. Se trata de una sala rectangular construida en el siglo XVIII y era la antigua despensa y granero. Cumple funciones de museo desde 1996 y contiene piezas artísticas de los siglos XVI y XVIII. La sala dispone de tres arcos de medio punto que dividen la sala en dos espacios longitudinales. En la actualidad se ha construido una estructura metálica para dividir horizaontalmente la sala y crear una disposición de dos pisos.

El convento alberga un inclunable (obra realizada antes de la invención de la imprenta) y que lleva por nombre "LIber Chronicarum" siendo el ejemplar más relevante de todo el monasterio.

El segundo museo lo ocupa una sala situada junto a la Sacristía y está dedicado en su integridad a Museo Numismático.

Panteón Construida sobre el lugar que ocupaba la antigua Sala Capitular románica, hasta 1960 estuvo en uso como panteón del monasterio. En él estan los restos del primer abad del monasterio Domingo de Campdespina. De su techo cuelga un barco de los llamados filipinos, por ser el tipo de barco en el que se embarcaban los monjes agustinos en su labor evangelizadora en Filipinas. Se trata de una sala rectangular construida en el siglo XVII y se cubre con una bóveda de tres tramos.

La escalera principal Formada por una caja cuadrada, se situa entre el claustro del pozo y el claustro de la hospederia, fue construida a principios del siglo XVII en estilo renacentista por los maestros Palacios, La Verde y Ezquerra. Esta escalera permite el acceso a los pisos superiores de los claustros, está realizada en piedra y se cierra por una bóveda.