En el presbiterio encontramos un retablo barroco realizado hacia 1766 por el escultor afincado en Calatayud Félix Malo (* Barbastro-Huesca 1733 † 1779). Así mismo encontramos los sepulcros de San Martín de Finojosa en el lado de la epístola y de su sobrino don Rodrigo Ximénez de Rada en el lado del evangelio. Las pinturas murales del presbiterio son del genovés Bartolomé de Matarana (* ca.1550 † h.1625), realizadas en 1580 con escenas de la batalla de las Navas de Tolosa (1212). También encontramos dos nichos vacíos de las que por un tiempo fueron tumbas de los duques de Medinacelli, con sus escudos señoriales. Bernardo de Bearne († 1381), I conde de Medinaceli, comenzó la tradición de ser inhumados en el Monasterio, después distintos miembros del linaje de los Medinaceli siguieron su ejemplo. Los plementos de la bóveda representan a los cuatro evangelistas, mientras que en los muros laterales representan diversas escenas de la batalla de las Navas de Tolosa en la que intervino el rey Alfonso VIII. En la embocadura que forma el arco de triunfo podemos ver al rey Alfonso X el Sabio y a su hijo el infante Fernando de la Cerda sujetando cada uno de ellos un escudo con las armas de Castilla y León.

Al exterior el ábside destaca por su nula decoración a excepción de unas alargadas arquerías ciegas en cuyos paños rehundidos se abren vanos que permiten la iluminación del interior. Bajo el alero corre una colección de modillones de lóbulos. Al interior el ábside se cierra por una bóveda de crucería en el tramo recto, y por una bóveda de seis nervios que confluyen en una clave común en la zona del hemiciclo. El Retablo Mayor oculta a nuestra vista el cierre de este trozo de la bóveda.

En el testero del brazo Sur de la nave del transepto, se abre una capilla de planta hexagonal cubierta con bóveda octopartita, es la conocida como capilla de las reliquias o capilla de Nuestra Señora del Destierro, de mediados del siglo XVIII.

El primer y segundo tramo de la nave central se cubren con bóvedas de crucería simple, mientras que el tercero, el cuarto y el quinto lo hacen con bóvedas de crucería con terceletes. Las naves laterales se cierran con bóvedas de arista en yeso realizadas modernamente en el primero, segundo y tercer tramo, mientras que el cuarto y el quinto son bóvedas de crucería. La bóveda del sotocoro se resuelve con una bóveda nervada con terceletes combados.

Aunque pueda parecer una iglesia gótica, su planta, los muros y la fábrica responde a cánones románicos. Los arcos de separación de las naves y las bóvedas apoyan en cinco parejas de pilares con sencillas ménsulas de repisas escalonadas o de rollos. Los cuatro ábsides menores se cubren con bóvedas de crucería que descansan sobre ménsulas. Estos se encontraban decorados con pinturas murales de carácter geométrico, según se puede ver en algún resto conservado en dos de los ábsides. La nave del transepto se cubre con bóvedas de crucería apoyadas en ménsulas.

Los arcos de separación de las naves son de medio punto y otros apuntados. Las claves de las bóvedas se decoran algunas de ellas con grandes florones de madera policromada. La iluminación del templo se realiza a través de vanos abiertos en los muros laterales de la nave central con forma de arcos de medio punto.

En el brazo norte del transepto encontramos la puerta de la sacristía, la escalera de acceso a los antiguos dormitorios con la puerta que conducía a los mismos y el acceso a la torre campanario. En el brazo sur una puerta de medio punto da paso a la Capilla del Relicario del siglo XVIII.

La sacristía fue realizada en el siglo XVII sobre el lugar que ocupó la antigua Sala Capitular del siglo XIII y la antigua sacristía. Sobre el tejado de este mismo brazo encontramos una pequeña torre con una vano abierto a cada uno de los vientos que hace la función de torre campanario. La sacristía es una sala de planta rectangular, con dos tramos separados por un arco fajón que apoya en pilastras y cubierta con bóveda de medio cañón con lunetos y decoración de yesería. Realizada en el siglo XVII, para su construcción hubo que demoler la antigua Sala Capitular del siglo XIII. Preside la estancia un retablo presidido por un lienzo de la Lapidación de San Esteban, copia de autor anónimo sobre un óleo de Giulio Romano (* Roma ca.1499 † Mantua 01-11-1546).

El coro situado en alto, tiene una sillería comenzada en 1557 y finalizada en 1578, destacan en ella un relieve de la Virgen con el Niño flanqueada por San Benito y San Bernardo de Claraval que preside el coro. El órgano de 1633 y de estilo renacentista asoma al interior del templo por el lado del evangelio. El coro ocupa los dos últimos tramos del templo y se encuentra como hemos dicho en alto. El sotocoro o parte inferior del coro se cierra por una reja de hierro forjado y dorado al fuego de gran belleza, realizada en 1775, que se alza sobre un zócalo de jaspes. En este espacio se encuentra el sepulcro vacío del arzobispo de Toledo, don Rodrigo Ximénez de Rada, cuyos restos en la actualidad se encuentran en el Altar Mayor junto con los de su tío el abad San Martín de Finojosa. Este sepulcro está fechado entre el siglo XIII y XIV, está realizado en piedra y conserva restos de policromía.

En el lado del evangelio encontramos dos puertas de salida al claustro, la situada en el primer tramo es de arco apuntado y por ella salían los monjes reglares al claustro, en el quinto tramo una puerta con arco rebajado permitía la salida de los conversos aunque en este caso la salida se realizaba al conocido como pasillo de conversos, junto a la cilla.

La portada situada a los pies, está fechada en el siglo XIII al igual que el gran rosetón de 8 metros de diámetro que corona la fachada. En origen esta portada estaba precedida por un nártex, galilea o pórtico de conversos hoy desaparecido, solo se conserva a la derecha de la portada la forma de un gran arco apuntado en el muro y los mechinales de la techumbre. Este nártex fue destruido en 1581 al construirse la actual hospedería. La portada formada por seis arquivoltas apuntadas están decoradas con motivos geométricos (dientes de sierra, arquillos, baquetones) y puntas de diamante para el guardapolvos. Estas apean en un total de doce columnas cuyos capiteles se decoran con motivos vegetales de hojarasca. El rosetón formado por cuatro circunferencias concéntricas, está adornado con puntas de diamante enmarcando doce arquillos trilobulados. Este es una reconstrucción de 1965 del original que estaba muy deteriorado y además cegado.

En el intradós de la portada se puede leer "Domus mea domus orationes vocabitur" (Mi casa será llamada casa de oración). La portada de acceso conserva todavía restos de policromía del siglo XVI. Bajo el alero de toda la fachada podemos ver todo un conjunto de canecillos planos sin decoración, solo alguno de ellos adoptan forma figurada, como el situado en el extremo derecho del alero.

Claustro reglar o Claustro gótico llamado de los caballeros y fechado en el siglo XIII. Desde una puerta abierta en el primer tramo de la iglesia de la nave del evangelio, se accede al claustro. Esta puerta era la utilizada por los monjes de coro ya que los conversos accedían por otro lugar. La puerta en forma de arco de apuntado se encuentra exenta de decoración, siendo unicamente los capiteles, los decorados con formas vegetales.

Nada más salir al claustro encontramos un nicho en el muro en la actualidad vacío, pero que fue usado como lugar de enterramiento por los Señores de Molina de Aragón (Manrique Pérez de Lara, su hijo Pedro y familia). La inscripción que figura al fondo del nicho hace referencia precisamente a Pedro Martínez de Lara, II señor de Molina y nos informa de la fecha de su muerte: LUX PATRIAE CLIPEUS POPULI GLADIUSQUE MALORUM SUB PETRA PETRUS TEGITUR COMES INCLITUS ISTA. OBIIT IIII IDUS I ERA MCCXL. Que se corresponde con el año 1202 de la era cristiana. Sin embargo este nicho en origen era el antiguo "armariolum", o lo que es lo mismo, un espacio reservado para guardar los libros que leían los monjes mientras paseaban por el claustro. Los libros no podían salir del claustro y era obligatorio dejarlos en su lugar después de haberlos utilizado. El actual espacio se desarrolla en un doble vano con arcos apuntados (geminados) que apoyan en tres columnas con capiteles con decoración vegetal y con un óculo entre los arcos.

Junto a este nicho, encontramos un segundo nicho. Abre a la panda Este a través de un arco apuntado con una columna parteluz central y dos laterales que forman dos vanos con arcos trilobulados. En el interior podemos encontrar pinturas murales de época bastante posterior. Destaca por su gran óculo que podemos ver en la parte superior del arco.

El claustro de planta cuadrada (20 metros por lado), se abre al interior del patio central a través de seis arcos apuntados por panda apoyados en columnas con capiteles de hojas de acanto. Las pandas se cubren con bóvedas de crucería simples. Los nervios apoyan en ménsulas en los muros interiores mientras que en al exterior apean en columnas. En el muro de la panda de Levante podemos encontrar dos nichos que en su momento alojaron los sepulcros de nobles caballeros, los Condes de Molina y de don Pedro de Manrique. Los arcos que se abren al patio fueron reformados en el siglo XVII con pequeños arcos de medio punto al que cobijan los apuntados, además de abrir óculos en la parte superior, esta modificación fue realizada siendo abad fray Pedro de los Herreros (entre 1695-1698). Más tarde en el siglo XVIII la parte inferior de los arcos fueron cegados por un murete y así permanecen algunos de ellos en la actualidad.

En la panda de Levante se encontraba la Sala Capitular y sobre esta el dormitorio de los monjes que tenía comunicación directa con la iglesia. La sala capitular fue suprimida en tiempos del abad fray Mateo Nava (entre 1599-1602). Solo se conserva la puerta y las dos ventanas laterales que la flanquean. Esta sala capitular era un espacio de planta cuadrada, con cuatro columnas centrales exentas que sustentaba una bóveda formada por nueve tramos de crucería. La sala capitular se fechaba hacia el siglo XIII. En la actualidad esta dependencia ha desaparecido para construir en su lugar una gran sacristía en el siglo XVII y a continuación la "sala de profundis".

A continuación de la antigua Sala Capitular se encontraban distintas dependencias como eran: la escalera de subida al dormitorio, el locutorio y el pasaje que salía a la huerta del convento. A continuación de estas dependencias se hallaba una gran sala rectangular paralela al refectorio que era la Sala de Monjes. Todos estos espacios han desaparecido, sobre ellos y sobre parte de lo que fue la sala de monjes se levanta en la actualidad la conocida como "Sala de Profundis", que era la sala donde los monjes cantaban un salmo antes de cada comida. Esta sala fue mandada levantar siendo abad fray Mateo Nava (entre 1599-1602). El locutorio en los monasterios era el espacio donde el monje encargado repartía las tareas cotidianas a los monjes, mientras que la Sala de Monjes era el lugar donde los monjes de coro realizaban su trabajo diario, como podría ser el "scriptorium" u otras actividades de corte más intelectual, ya que las manuales estaban reservadas para los monjes conversos.

Sobre la sala capitular se encontraba el dormitorio de los monjes, fue suprimido en el siglo XVII por el abad fray Mateo Nava en el proceso renovador de esta parte de la panda que hemos venido comentando. El dormitorio era una gran sala utilizada como dormitorio común y vestidos tal como ordenaba la regla cisterciense. A horas regladas tenían que acudir a la iglesia a las distintas oraciones. La sala-dormitorio fue costeada por Nuño Sancho, hermano de San Martín de Finojosa y por el arzobispo de Toledo, Rodrigo Ximénez de Rada.

El claustro recibe el apelativo de caballeros, porque fue lugar escogido por muchos caballeros para ser enterrados, en la esperanza de que descansar en un lugar santo les hacía más fácil el camino al paraíso. Así en los muros de las pandas del claustro podemos ver una serie de lucillos funerarios, todos ellos vacíos.

En 1531 (siglo XVI) se construyó un sobreclaustro en estilo plateresco siendo rey Carlos I (entre 1517-1556) cuyo escudo efigiado en medallones aparece representado en el antepecho en repetidas ocasiones. Este se construyo durante el abadengo de fray Pedro de Espinosa (entre 1531-1535) y fray Ignacio de Collantes (entre 1536-1539). Junto al escudo Real aparecen otros escudos, cabezas de reyes, obispos y caballeros (David, Salomón y Alfonso X el Sabio entre otros) y también religiosos de la orden del Cister (San Bernardo de Claraval y San Genaro). También podemos ver una serie de medallones en las enjutas de los arcos con diversos personajes, entre ellos los Apóstoles, en la panda oriental. En 1547 quedó terminado el claustro alto.

Las pandas de este nuevo claustro se abren el patio interior a través de doce arcos carpaneles por panda que apoyan en columnas. La techumbre es de madera. La escalera de acceso al sobreclaustro se encuentra sobre el antiguo calefactorio, en el ángulo que forman las pandas Este y Norte, es del siglo XVI, terminada en 1600 y al exterior la caja de escalera termina en una pequeña torre cuadrangular sobremontada sobre la techumbre y que hace funciones de torre campanario.

Refectorio de Monjes o Comedor, es de estilo gótico del siglo XIII. Construido hacia 1215 con el mecenazgo de Martín Nuño de Finojosa, sobrino del abad Finojosa y mayordomo del rey Enrique I de Castilla (entre 1214-1217). De planta rectangular y cuatro tramos; se cubren con bóvedas de crucería sexpartitas que apean directamente en ménsulas y en una imposta corrida. Tiene unas medidas considerables, 34 metros x 9,5 metros y 15 metros de altura. Empotrado por el interior del muro encontramos la escalera de acceso al púlpito del lector, abierta al interior por una arquería rampante de un cuarto de circunferencia que apoyan en columnas octogonales. La bóveda que cubre la escalera es de medio cañón. El púlpito se sustenta sobre una columna adosada al muro. Sobre este púlpito un monje leía pasajes de la biblia mientras el resto de los monjes comían. En el techo encontramos cuatro claves, tres de ellas con decoración vegetal mientras que la cuarta que se corresponde con el tramo donde se encuentra el púlpito cuenta con un Cristo en Majestad.

La entrada al refectorio situada en la panda norte del claustro gótico, se realiza a través de una portada apuntada con tres arquivoltas decoradas con baquetones y dientes de sierra en su arquivolta central, estas apoyan en columnas con capiteles de decoración vegetal. Sobre la portada un gran rosetón de doce vanos formados por columnillas radiales que en la actualidad permanece semi-oculto al ser levantado el sobreclaustro.

La sala se ilumina con dieciséis ventanales de perfil apuntado separados por pequeñas columnas situados a ambos lados de los muros laterales; destacan sobre todo los vanos del hastial del fondo, que se desarrolla en dos niveles, en el inferior cuatro ventanales sencillos de perfil apuntado y en el nivel superior dos ventanales de perfil apuntados que cobijan dos menores también de perfil apuntados sobre los que hay sendos óculos de seis lóbulos (hexalobulados).

Un pequeño ventanuco abierto en el muro medianero de la cocina, permitía la entrada de los alimentos desde la misma, es el conocido como pasaplatos.

Cocina siglo XIII. Situada junto al refectorio, es de planta cuadrada dividida en nueve tramos cubiertos con bóvedas de crucería, excepto el central que está ocupada por un hogar en forma de templete y una gran chimenea central con arcos apuntados en tres de sus lados. La entrada a la cocina se realiza a través de un arco apuntado y doblado sin decoración alguna.

Domus Conversorum también conocida como refectorio de conversos, es de estilo románico, de finales del siglo XII o principios XIII. Es junto con la cilla una de las partes más antiguas del conjunto monacal. De planta rectangular, 30 x 13 metros, con doce tramos cubiertos con bóvedas de crucería simples. La planta se divide en dos naves separadas por cinco gruesas columnas centrales exentas. La bóveda apoya en ménsulas de rollos directamente sobre los muros laterales y en las columnas centrales. Los capiteles se decoran con motivos vegetales muy esquematizados con adornos de bolas y piñas. La sala se ilumina con ventanales abocinadas en arco de medio punto. El acceso se realizaba a través de una puerta de medio punto con las iniciales "AS" al exterior y mediante arco rebajado al interior. La sala está construida en mampostería en su nivel inferior y en sillería en su parte superior.

La entrada al refectorio de conversos, que también era utilizada como Sala de Reunión de los mismos, se realiza a través de un doble arco de medio punto sin decoración que apoya directamente en el suelo. Este espacio además de sala de trabajo, era el refectorio de los conversos o legos y en el piso alto se encontraba el dormitorio de conversos.

Los conversos o legos eran monjes que se ocupaban de las tareas manuales, en contraposición a los monjes de coro que se encargaban de los temas litúrgicos e intelectuales. Muchos de ellos eran iletrados y por ese motivo no podían acceder a cargos eclesiales. Ambos grupos de monjes hacían vidas separadas en distintas partes del monasterio y solo hacían vida en común en contadas ocasiones.

Cilla o Almacén de estilo románico del siglo XII-XIII. De planta rectangular, se cubre con un alfarje de influencia mudéjar de madera y cinco arcos de diafragma de medio punto que apoyan directamente sobre los muros laterales y llegan al suelo. En cada uno de los tramos se abre una ventana de medio punto abocinada.

Sobre esta planta se encontraba un segundo piso que cumplía la misma función. Se cree que la cubierta de este segundo piso fuera de madera a doble vertiente sobre arcos de diafragma. A partir de 1620 este espacio superior fue utilizado como biblioteca.

La cilla servía para el almacenaje de víveres, principalmente agrícolas. Ha sufrido modificaciones con el paso del tiempo, la más importante fue el acortarla por ambos lados para abrir unos pasillos de comunicación entre ambos claustros en el siglo XVII. Hoy es usada como sala de audiovisuales.

Claustro de la Hospedería o Claustro herreriano En la actualidad forma parte de la hospedería y es lugar de residencia de los monjes, fue levantado hacia 1581 en estilo herreriano terminándose en 1630. En el jardín central hay dos estatuas en piedra, la primera del abad que fue del monasterio, San Martín de Finojosa y la segunda de don Rodrigo Ximénez de Rada, ambos enterrados en el monasterio. El empedrado con sus variados escudos, cruces y simbolismos, es moderno de 1962. Tal como marca su estilo es un claustro muy sobrio con una total ausencia de decoración.