Agustín Cabré había llegado a Valencia en 1870 vestido de seglar con el objeto de fundar un colegio de la orden jesuítica. Los jesuitas habían sido expulsados de España en 1767 por el rey Carlos III bajo la acusación de haber promovido motines en la capital de España. La orden de expulsión, se dilataría en el tiempo por los distintos regimenes del momento. Posteriormente llegaría el también jesuita Severo Ochoa con el fin de ayudarle en la empresa.

Antes de la construcción de un colegio propio, la escuela jesuita pasó por distintas ubicaciones en la ciudad de Valencia. Así, y en la medida en que el número de alumnos se iba ampliando, y de una manera semiclandestina, sin hacer referencia a que el mismo pertenecía a la orden de san Ignacio, se ocuparon diversos locales. El primer local en nuestra ciudad estuvo situado en la calle del Portal de la Valldigna nº 2 (entre 1870 y 1874) y posteriormente en la antigua escuela de San Rafael de la calle Trinitarios nº 9 esquina con la plaza de Santa Margarita (entre 1874 y 1880), en un edificio hoy desaparecido.

Será en 1879 cuando el sueño escolar jesuita se verá realizado con la adquisición al barón de Benidoleig de un solar en la actual Gran Vía Fernando el Católico esquina con el Paseo de la Pechina, cerca del Asilo de San Juan Bautista del marqués de Campo. Llegado este momento la presencia de los jesuitas en la ciudad era más que evidente desde años atrás, por lo que no hubo grandes inconvenientes de tipo político administrativo en su acomodación. La colocación de la primera piedra del colegio de San José tuvo lugar el 4 de junio de 1879, reinando en España el rey Alfonso XII.

Entre 1879 y 1880 el arquitecto José Quinzá Gómez († Valencia 29-07-1881) construye a iniciativa del jesuita Agustín Cabré el colegio que recibirá el nombre de Colegio de San José, popularmente conocido como "Colegio de los jesuitas". El traslado a las nuevas instalaciones tiene lugar el 29 de septiembre de 1880. Los terrenos donde se levantaba el colegio estaba formado por una gran manzana delimitada en sus actuales denominaciones por la Gran Vía de Fernando el Católico, la calle Quart, la calle Beato Gaspar Bono y el Paseo de la Pechina.

A la muerte de José Quinzá Gómez en 1881, se hace cargo de las obras Joaquín María Belda Ibáñez, que se encargó de continuar los trabajos que faltaban por realizar, como eran: el salón de actos, terminado a principios de 1884 y la capilla o iglesia que sería consagrada el 12 de octubre de 1887 adoptando un aire neobizantino con algunos toques neorrománicos.

En 1908 se crean sobre los mismos terrenos las conocidas como "Escuelas de Jesús", que como su nombre indica eran escuelas gratuitas para niños sin recursos. Dan inicio sus actividades el 2 de octubre de 1908, y se ubicaban en una parcela hoy ocupada por un voluminoso y moderno edificio de viviendas. Las Escuelas de Jesús pasarían en 1946 a denominarse "Escuelas Profesionales de San José", aunque popularmente eran conocidas como "escuelitas del padre Muedra".

Durante la guerra civil (1936-1939) el colegio fue incautado por el gobierno de la República y los jesuitas expulsados. El colegio se transformó en "Centro de enseñanza popular", "Instituto Obrero" y "Escuela Normal de Magisterio". Al finalizar la guerra, los jesuitas volvieron a hacerse cargo de la dirección del colegio a pesar de encontrarlo prácticamente irreconocible.

En el año 2002 los jesuitas venden partes de la parcela del colegio y trasladan el colegio a los nuevos locales de la actual avenida de las Cortes Valencianas fusionándose con las "Escuelas Profesionales de San José" que ocupaban el edificio. Estas instalaciones de corte funcional y realizadas entre 1961 y 1968 fueron llevadas a cabo por los arquitectos Cayetano Borso di Carminati González y Rafael Contel Comange.

En una de las parcelas vendidas se construirá un jardín municipal cuyo nombre es Jardín de las Hespérides, en otra donde se levantaban las antiguas escuelas de san José, se construirá un moderno edificio de viviendas y el resto de la parcela donde se incluyen las instalaciones colegiales y la capilla se la reservan para ellos mismos y en la actualidad acoge el "Centro Arrupe" dedicado a la actividad cultural y pastoral de los jesuitas.

El complejo colegial de San José adoptaba una extraña forma tridentina, es decir, en forma de tridente, siendo la nave central la capilla del colegio, y flanqueando en paralelo dos naves laterales que era la zona colegial. En la actualidad y debido a las reformas y ventas realizadas, esta curiosa forma ha quedado un tanto desdibujada cuando no perdida al ser demolida una de las alas del colegio.

Aunque la construcción del colegio fue relativamnte rápido, el colegio ha estado en constantes renovaciones o ampliaciones, al proyecto original de José Quinzá Gómez, le siguió Joaquín María Belda Ibáñez y a este Manuel Peris Ferrando que realizó numerosas ampliacines en el colegio. Al finalizar la guerra civil destacan las obras llevadas a cabo por Manuel Peris Vallbona, hijo del anterior.

La capilla es de tres naves con siete tramos, cubierta a doble aguas y bóveda de cañón con lunetos. Su interior se decora con estucos y dorados bellamente policromados por el hermano jesuita Martín Coronas Pueyo (* Huesca 10-11-1862 † Zaragoza 18-09-1928). Ese dotó a las bóvedas de una decoración a base de estrellas doradas sobre fondo azul, imitando una bóveda celeste. En el momento de su construcción solo disponía de una nave, fue en 1915 cuando se añadieron las dos naves laterales y se amplió en un tramo más la nave central contando en ese momento con cinco tramos. El ábside tiene forma poligonal de ocho lados,

Finalizada la guerra civil, en 1941 el arquitecto Manuel Perís Vallbona acomete una nueva reforma de la iglesia, se añaden dos tramos más a la longitud de la nave, completando el número de siete y se abren los arcos de comunicación entre las naves laterales y la central.

En el centro de la fachada principal recayente al Paseo de la Pechina, se abre la portada, formada por un arco de medio punto enmarcado en un pórtico que apoya en dos columnas sobre un podio, una a cada lado. Por encima de la portada una galería formada por cinco vanos cerrados por arcos de medio punto que apoyan en pilares y columnas neorománicas. En el hastial un altorrelieve con un crismón. En el tímpano del arco de entrada, un panel mosaico que representa a San José y bajo su protección el edificio de San Pedro en el Vaticano. Sobre el tejado una espadaña con dos campanas. Bordeando la figura de San José una leyenda dice: Fac Nos Innocuam Decurrere Vitam, que en mi latín olvidado se puede traducir como: "Haced que llevemos una vida impecable". En el dintel de la puerta otra inscripción dice: LOCVS ISTE SANCTVS EST (Este es un lugar santo).

En los extremos de la fachada dos pequeñas torrecillas formadas por dos cuerpos cada una, a mitad camino una balconada y cubriendo las torrecillas pequeñas cúpulas de traza oriental con azulejos de escama. Destacan diversos vanos alargados que permiten el paso de la luz al interior de las torrecillas donde se alojan las escaleras de caracol.

Hasta no hace tantos años, a la puerta de la iglesia en la fachada recayente al Paseo de la Pechina, se podía encontrar una escultura sedente de San José con el Niño Jesús sobre un alto pedestal. La escultura era obra del escultor Francisco Paredes García. Durante la guerra civil la escultura fue destruida y el mismo escultor la volvió a realizar en 1940, siendo la actual escultura, una copia fiel del original. En el pedestal podemos encontrar una inscripción que dice: José / esposo castísimo / de / María Inmaculada / y fidelísimo custodio / de / Jesús Niño Dios / guarda siempre y doquiera / a los que / en esta bendita mansión / acudieron confiados / a tu patrocinio. En la actualidad esta escultura se encuentra en un pequeño patio en uno de los ángulos del recinto.