El primer indicio de la existencia del puente es en 1486 (siglo XV), mientras que su realización en piedra esta fechada entre 1604 y 1608. De la mano de Jerónimo Negret y Sebastián Gurrea, las obras finalizaron en 1608, según decía una lápida hoy perdida sobre la imagen de San Luis Beltrán que estuvo en el puente. En su origen el puente debió ser de madera (finales siglo XIII).

Posee trece arcos de menor anchura que los otros puentes y sobre los dos tajamares existían sendas esculturas de San Luis Bertran y Santo Tomás de Villanueva obras del italiano Jacobo Antonio Ponzanelli realizadas en 1693, y trasladadas en 1950 al Puente de La Trinidad. Las mismas fueron retiradas en 1906 al ensancharse el puente y entre esta fecha y 1950 en que se colocaron en el Puente de la Trinidad estuvieron depositadas en el Museo de Bellas Artes de Valencia. Estas esculturas sustituyeron a sendas cruces.

Hoy día se ha colocado una escultura de San José, obra de Octavio Vicent con una inscripción que dice: Las fallas a su santo patrón. Valencia 1951 . La escultura representa a San José como carpintero y a un niño que golpea una gubia.

En este punto, el cauce del río se curvaba, dejando libres unos terrenos que eran utilizados para el almacenaje de madera. Posteriormente se aprovecharon para la construcción de las Alameditas de Serranos, que discurre entre este puente y el citado de los Serranos.

El puente ha sido conocido también como Puente Nuevo, de la Zaidía o de Santa Cruz, aunque de estos nombres todos ellos han pasado ya a la historia.

Construido frente al convento de San José que todavia se conserva y del antiguo Portal de San José derruido en 1868, de ellos toma su nombre.