La actual capilla situada en los Jardines del Antiguo Hospital General, data del año 1730 (siglo XVIII). Se trata de una edificio de planta basilical, una sóla nave, testero recto, coronada por una espadaña de un sólo vano construida en el siglo XIX, que aloja la campana que lleva por nombre Maria (de 1853). El interior se cubre con bóveda de cañón de tres tramos con lunetos y al exterior por cubierta a doble aguas.

Junto con el edificio del Antiguo Hospital y la Ermita de Santa Lucia, fue declarado Monumento Histórico Artístico en 1963.

La actual capilla del XVIII se levanta problablemente sobre una ermita anterior del siglo XV de la que no quedan restos. En esta ermita se reunian los miembros de la Real Cofradia de Nuestra Señora de los Inocentes, Mártires y Desamparados desde 1411 fecha de su fundación.

Según cuenta la leyenda, los cofrades solicitaron al Padre Jofré les concediese una imagen representativa de la Cofradía y su obra. En el momento de buscar la imagen, tres peregrinos se presentaron ante el Padre Jofré y se ofrecieron a hacer la imagen, sólo a cambio de la comida y los materiales necesarios. Se les instaló en la ermita del Capitulet, pasados unos dias y ante la falta de noticias de los peregrinos, el padre Jofré se presentó en la ermita y estos habian desaparecido, pero en su interior quedaba una imagen de la Virgen. Con el tiempo esta imagen llegaría a ser la Virgen de los Desamparados, Patrona de los valencianos y de ella se dirá que "la hicieron los ángeles", por que como a tales se consideraron los peregrinos.

Hasta 1603 la Imagen de la Virgen de los Desamparados estuvo en la ermita, pero en esta fecha fue trasladada a una capilla situada en el exterior del ábside de la Catedral para mas tarde pasar a la Basilica de la Virgen de los Desamparados.

En 1944 el escultor Carmelo Vicent realizó una copia de la imagen conocida como la Peregrina y que es la que habitualmente procesiona por las calles de Valencia, y que hasta hace poco tenía su residencia habitual en esta Capilla del Capitulet.

En uno de los muros exteriores de la capilla podemos leer una inscripción que dice: Al muy honorable J.Gilabert Jofré y a los honrados trece ciudadanos caritativos fundadores del Hospital de Locos en 1409. Para memoria perpetua. La Real Cofradia de Nuestra Señora de los Inocentes Mártires Desamparados. 1867.