La cofradía de Santa Lucía, virgen y mártir, fue fundada al poco de la conquista de la ciudad por Jaime I en 1238 en la Catedral de Valencia, bajo el titulo de "Almoyna de Santa Lucía".

En virtud de autorización real obtenida del rey Martín el Humano en 1399, construyeron los cofrades la actual ermita cerca del Portal de Torrent, abandonando su primitiva ubicación en la Catedral de Valencia.

La antigua capilla de la cofradía de la "Almoyna de Santa Lucía" de la Catedral de Valencia estaba situada en la girola, en el lugar que hoy ocupa la Capilla de San Rafael Arcángel y fue creada en 1276 a instancias de doña Constanza de Suabia, hija de Manfredo rey de Sicilia, que estaba casada con el rey Pedro III de Aragón.

La Cofradía de Santa Lucía recibe el nombre de "Pontificia, Real y Primitiva Cofradía de Santa Lucía Virgen y Mártir" y tiene su sede en la presente ermita.

La fábrica del actual templo se terminó en 1511 siendo ampliada en el siglo XVIII en estilo neoclásico y ofrece como elementos más antiguos, la bóveda y el florón del presbiterio. Al interior se accede después de bajar unos pocos escalones, ya que la misma queda dos metros por debajo del nivel del suelo.

Está compuesta por dos naves, una principal gótica de cinco tramos, de pequeñas proporciones que fue recubierta posteriormente por bóvedas de medio cañón con lunetos, excepto en el presbiterio, donde se ve la bóveda de aristas; y otra más estrecha y corta en el lado de la epístola. El interior de la iglesia se encuentra revestida por un zócalo de azulejos hasta una altura de un metro. La separación de ambas naves se realizan mediante arcos formeros de medio punto. La sacristía queda junto a la cabecera en el lado de la epístola.

El retablo mayor barroco y dorado, tiene una imagen de la santa en el centro a tamaño natural entre columnas salomónicas. La imagen de la santa es del siglo XVIII. En su mano derecha sostiene la palma del martirio y en la izquierda un plato con dos ojos. En la parte superior del retablo un óleo representando a la Sagrada Familia en conjunto con la Trinidad y en ático el escudo pontificio y real de la cofradía. En la base de la mesa del altar se puede encontrar un relicario conteniendo un trozo de hueso de la santa.

A ambos lados del retablo mayor encontramos cuatro óleos sobre lienzos, dos de ellos a ambos lados del retablo y los otros dos en los muros laterales. A la izquierda del Retablo encontramos un óleo sobre lienzo de Santa Lucía obra de Evaristo Muñoz Estarlich (1684-1737) fechado hacia 1730 y a la derecha un lienzo de hacia 1650 dedicado a los santos Abdón y Senén (los santos de la Piedra [Sants de la Pedra]).

En el muro lateral izquierdo, lienzo de la Virgen de los Desamparados, obra atribuida a Gaspar de la Huerta (Campillo de Altobuey [Cuenca] 1645 - Valencia 1714) fechado hacia 1680. En el muro lateral derecho lienzo de San Isidro Labrador en bastante mal estado de conservación que se fecha hacia 1650.

La iglesia dispone de dos pequeñas capillas en la nave de la epístola, dedicadas a Santa Agueda y al Santísimo Cristo del Perdón. En el muro lateral de la capilla de Santa Agueda encontramos el Retablo de las Almas o del Juicio Final con el Arcángel San Miguel, lienzo fechado alrededor del año 1500 de autor anónimo. En la capilla del Santísimo Cristo del Perdón obra anónima realizada hacia 1600 encontramos bajo el mismo, un lienzo con el busto de la Virgen.

En este mismo lado de la epístola justo en el arranque de la nave central encontramos sobre el muro un sencillo retablo en cuya hornacina central acristalada encontramos un lienzo de la Virgen de la Leche dando de mamar a su hijo.

En el lado del evangelio no existen capillas, pero podemos encontrar cinco retablos enrasados de estilo barroco en madera tallada y dorada. Comenzando por el retablo más cercano al presbiterio, vemos a Cristo como Buen Pastor (Divino Pastor) alimentando con su sangre a unos corderos, el segundo con un busto de Nuestra Señora del Buen Acierto obra anónima del siglo XVIII, el tercero dedicado a San José, el cuarto a San Antonio de Padua obra realizada en 1850 y el quinto y último más cercano a los pies del templo con una imagen de la Inmaculada.

A los pies el templo se sitúa el coro alto donde encontramos un "armonium" que perteneció al Cardenal Benlloch.

La fachada realizada en 1860 por Sebastián Monleón Estellés tiene tres puertas, sobre la central una espadaña de dos vanos realizada en 1865 por Luis Peseto. Dispone de dos campanas llamadas Santa Lucía (1786) y Santa Agueda (1872). Bajo la espadaña en una hornacina un busto en terracota de Santa Lucía y en ambos extremos de la fachada dos esculturas representando una de ellas a "La Virtud" y la otra "El Martirio" obras modernas de 1988 de José Esteve Edo. Sobre la portada central un panel cerámico nos dice: Ermita de / Santa Llúcia / 1400 - 2012. La primera fecha nos indica la fecha de construcción de la ermita primigenia y la segunda la fecha de rehabilitación. Además de las dos esculturas citadas la fachada tiene en su parte superior cuatro jarrones o braserillos como única decoración.

La ermita fue declarada en 1963 Monumento Histórico Artístico Nacional y en el 2007 Bien de Interés Cultural. En su fachada podemos encontrar una lápida con la siguiente inscripción: Antiga Casa Confraria / de / Santa Llvcia / en les terres adquirides a Bernat Perez i Pasquala / viuda de Bernat Morell el 25 novembre de 1381 Son desde / aquella data on es dona veneracio a la imatje d'aquesta / Verge Martir / fon declarada per decret N 3483 del 28 novembre de 1963 / Conjunt Historic Artistic.

La Casa Cofradía de Santa Lucía se encuentra en esta ermita. Tiene su entrada por una puerta situada en la fachada principal. En el primer piso se encuentra el Archivo Histórico, mientras que en el segundo piso se encuentra la Sala de Juntas y la Sala Grande que alberga un pequeño museo de arte. En el archivo histórico se contienen documentos y pergaminos con los privilegios que ostenta la cofradía y otros documentos de alto interés histórico. En la parte reservada a Museo se pueden encontrar una talla de Cristo crucificado del siglo XVII, la imagen procesional de vestir de Santa Lucía, el retablo original de la fundación de la cofradía con la imagen de la santa acompañada por San Vicente Mártir y San Vicente Ferrer.

Entre los numerosos e importantes documentos que se guardan, podemos hallar la escritura de venta que hace el 25 de noviembre de 1381 Bernardo Pérez y Pascuala, viuda de Bernardo Morell de tres patios situados en la parroquia de San Martín. Estos tres patios no son más que los terrenos donde en la actualidad se levanta nuestra ermita, entonces dependiente de la iglesia de San Martín.

Entre el patrimonio mueble que podemos encontrar en el interior de la ermita, podemos destacar un pequeño retablo con una copia de la imagen del patriarca San Juan de Ribera que habitualmente se considera como su verdadero retrato. Bajo la imagen un texto nos recuerda su presencia en este lugar y la fecha.

En el muro exterior del testero de la ermita, en el interior de un nicho, encontramos una pequeña imagen (restaurada) de la Virgen con el Niño (Mare de Deu del Hospital), realizada en cerámica en el siglo XIX y que procede del desaparecido Hospital General.

Santa Lucía nació hacia el 283 en Siracusa (isla de Sicilia) y fue martirizada en el año 310. Santa Lucía es patrona de los ciegos, ya que según la tradición su martirio consistió en arrancarle los ojos, aunque en ninguna historia de su martirio se cita que fuera torturada con este método. También como hecho curioso podemos citar que en todas las representaciones de Santa Lucía se le ve con un platillo con sus ojos arrancados pero sin embargo la santa siempre aparece con ellos puestos. Otra tradición afirma que Lucía fue prometida en contra de su voluntad a un hombre pagano, ésta se presentó ante él y le pregunto que es lo que más le gustaba de su cuerpo y éste le contesto que sus ojos, acto seguido cogió una espada y se arrancó los ojos, le volvió a pedir que le dejara consagrar su vida a Dios y este se negó. Su pretendiente denunció a las autoridades romanas a Lucía por ser cristiana y fue ejecutada. Sus restos mortales descansan en la Iglesia de San Jeremías de Venecia.

A titulo de curiosidad indicaremos que en 1965 se adscribió a esta iglesia la parroquia de San Lucas, pero fue extinta en 1982 por falta de culto y por la oposición de la Cofradía de Santa Lucía que nunca vio con buenos ojos esta adscripción. Durante la Guerra Civil la ermita no sufrió daño alguno. Se da la circunstancia que doña María Bayo Monferrer, ama de llaves del capellán, que residía junto a la ermita, alojaba temporalmente a su sobrina de nacionalidad francesa Claudia Bayo Gaboyard; con tal excusa aprovecharon para hacer gestiones ante el Consulado de Francia que les hizo entrega de un papel que decía "Aquí vive un súbdito francés" y lo pegaron en la puerta del templo. Gracias a esta estratagema pues Francia era un país aliado del gobierno de la República se consiguió salvar la ermita, pues se tenía constancia cierta que grupos incontrolados habían decidido quemarla. Posteriormente el Comité de Bellas Artes se hizo cargo de la ermita y fue precintada para salvarla de la destrucción.