La cofradia de Santa Lucía, virgen y mártir, fue fundada al poco de la conquista de la ciudad por Jaime I en 1238 en la Catedral de Valencia, bajo el titulo de "Almoyna de Santa Lucia".

En virtud de autorización real obtenida del rey Martin el Humano en 1399, construyeron los cofrades la actual ermita cerca del Portal de Torrent, dejando su primitiva ubicación en la Catedral de Valencia.

La antigua capilla de la cofradia de la "Almoyna de Santa Lucia" de la Catedral de Valencia estaba situada en la girola, en el lugar que hoy ocupa la Capilla de San Rafael Arcángel y fue creada en 1276 a instancias de doña Constanza de Suabia, hija de Manfredo rey de Sicilia, que estaba casada con el rey Pedro III de Aragón.

La Cofradia de Santa Lucia recibe el nombre de "Pontificia, Real y Primitiva Cofradia de Santa Lucía Virgen y Mártir" y tiene su sede en la presente ermita.

La fabrica del actual santuario se terminó en 1511 siendo ampliada en el siglo XVIII en estilo neoclásico y ofrece como elementos más puros la bóveda y el florón del presbiterio. Al interior se accede después de bajar unos pocos escalones, ya que la misma queda dos metros por debajo del nivel del suelo.

Está compuesta por dos naves, una principal gótica, de pequeñas proporciones que fue recubierta posteriormente por bóvedas de medio cañón con lunetos, excepto en el presbiterio, donde se ve la bóveda de aristas; y otra más estrecha y corta en el lado de la epistola. El interior de la iglesia se encuentra revestida por un zócalo de azulejos hasta una altura de un metro. La separación de ambas naves se realizan mediante arcos formeros de medio punto.

El Retablo Mayor barroco y dorado, tiene una imagen de la santa en el centro a tamaño natural entre columnas salomonicas. En su mano derecha sostiene la palma del martirio y en la izquierda un plato con dos ojos. En la parte superior del retablo un óleo representando a la Sagrada Familia y en ático el escudo pontificio y real de la cofradia. En el Altar Mayor se puede encontrar un relicario conteniendo un trozo de hueso de la santa.

A ambos lados del retablo encontramos en uno de sus lados un lienzo de Santa Lucia obra de Evaristo Muñoz y a la izquierda un pequeño retablo dedicado a San Juan de Ribera.

La iglesia dispone de dos pequeñas capillas en la nave de la epistola, dedicadas a Santa Agueda y al Santisimo Cristo del Perdon. En la capilla de Santa Agueda encontramos la pila bautismal de la antigua Parroquia de San Lucas que durante un corto periodo de tiempo tuvo titulación en esta ermita. Además encontramos dos lienzos uno representando a los santos Abdon y Senent (Sants de la Pedra) y el otro a San Isidro Labrador.

En el lado del evangelio no existen capillas, pero podemos encontrar cinco retablos enrasados de estilo barroco en madera tallada y dorada. Comenzando por el retablo más cercano al presbiterio, vemos a Cristo como Buen Pastor, el segundo con una talla de la Virgen, el tercero dedicado a San José, el cuarto a San Antonio de Padua y el quinto y último más cercano a los pies del templo con una imágen de cuerpo entero de la Virgen Maria. Uno de ellos dedicado a la Virgen del Buen Acierto.

A los pies el templo se situa el coro alto donde encontramos un "armonium" que perteneció al Cardenal Benlloch.

La fachada realizada en 1860 por Sebastián Monleón tiene tres puertas, sobre ella una espadaña de dos vanos realizada en 1865 por Luis Peseto. Dispone de dos campanas llamadas Santa Lucia (1786) y Santa Agueda (1872). Bajo la espadaña en una hornacina un busto en bronce de Santa Lucía. Más información sobre las campanas en: Campaners de la Catedral de València

La ermita fue declarada en 1963 Monumento Historico Artistico Nacional y en el 2007 Bien de Interés Cultural.

La Casa Cofradia de Santa Lucia se encuentra en esta ermita. Tiene su entrada por una puerta situada en la fachada principal. En el primer piso se encuentra el Archivo Histórico, mientras que en el segundo piso se encuentra la Sala de Juntas y la Sala Grande que alberga un pequeño museo de arte. En el archivo histórico se contienen documentos y pergaminos con los privilegios que ostenta la cofradia y otros documentos de alto interés histórico. En la parte reservada a Museo se pueden encontrar un lienzo de Santa Lucia de Evaristo Muñoz Estarlich (1684-1737) fechado en el siglo XVIII, una talla de Cristo crucificado del siglo XVII, la imagen procesional de vestir de Santa Lucia, el retablo original de la fundación de la cofradia con la imagen de la santa acompañada por San Vicente Mártir y San Vicente Ferrer. También el Retablo de las Almas o del Juicio Final con el Árcangel San Miguel, fechado alrededor del año 1500. Otra obra digna de admiración es el lienzo de la Virgen de los Desamparados obra atribuida a Gaspar de la Huerta (Campillo de Altobuey [Cuenca] 1645 - Valencia 1714) fechado en el siglo XVII.

Santa Lucia es patrona de los ciegos, ya que según la tradición su martirio consistió en arrancarle los ojos, aunque en ninguna historia de su martirio se cita que fuera torturada con este método. También como hecho curioso podemos citar que en todas las representaciones de Santa Lucia se le ve con un platillo con sus ojos arrancados pero sin embargo la santa siempre aparece con ellos puestos.

A titulo de curiosidad indicaremos que en 1965 se adscribió a esta iglesia la parroquia de San Lucas, pero fue extinta en 1982 por falta de culto y por la oposición de la Cofradia de Santa Lucía que nunca vió con buenos ojos esta adscripción.