En la construcción de la capilla intervinieron los maestros José Artigues y José Montoro y en 1667 pudo trasladarse la imagen desde la catedral. El camarin de la Virgen se comenzó en 1685 más no se concluyó hasta 1694 aunque su construcción ya se encontraba presente en los planos originales de la capilla.

Aunque exteriormente la Basilica pueda dar la sensación de tratarse de un templo de forma ovalada, nada mas lejos de la realidad, se trata de una planta de forma trapezoidal cuya cupula descentrada de su eje tiene eso si forma ovalada, que aunque no extraño en templos católicos, si lo es en la ciudad de Valencia, cuyas cúpulas suelen ser en su gran mayoria circulares.

Lo más destacable desde el punto de vista arquitectonico de la Basilica es su monumental cúpula de planta oval de 18,75 metros de anchura, la articulación entre el recinto oval y el camarin, y como no los frescos de Antonio Palomino de la bóveda.

La bóveda pintada al fresco por Palomino en realidad es una falsa bóveda de ladrillo que fue construida ex-profeso para albergar las citadas pinturas. Entre esta falsa bóveda y el techo de la bóveda original existe un espacio libre bien conocido por los restauradores que recientemente se han hecho cargo de la restauración de las pinturas de Palomino.

En total la Basilica de la Virgen dispone de cinco puertas, tres de ellas recayentes a la Plaza de la Virgen, una cuarta portada se abre a la calle de la Leña (fachada posterior) y la quinta se abre a la calle que forma pasaje con la Catedral, llamada Emilio María Aparicio Olmos. De las tres puertas recayentes a la Plaza de la Virgen, la situada en el extremo izquierdo fue cegada ya entrado el siglo XX y en su lugar se ha dejado una ventana, por lo que a día de hoy sólo dispone de cuatro entradas. Esta puerta actualmente cegada permitía el acceso a la escalera que sube al camarin de la Virgen y evitaba que los feligreses deambularan por el interior de la basilica para subir al camarin molestando asi a los feligreses que escuchaban misa.

Sobre el dintel de las portadas figura el escudo representativo de la Basilica de la Virgen (Una cruz con dos niños inocentes a sus pies).

En la puerta recayente al pasaje de la Catedral hay dos pequeñas ventanillas enrejadas a través de la cual puede verse el interior cuando la basilica se encuentra cerrada. A traves de ella puede contemplarse la Virgen iluminada en su altar. A destacar los altorrelieves en bronce del escultor Octavio Vicent de factura moderna que relatan diversos hechos relacionados con la historia de la Virgen de los Desamparados.

Explicación de los paneles de bronce: de izquierda a derecha y de arriba a abajo

Este panel quiere representar la fiesta de la Virgen de los Desamparados que se celebra el segundo domingo de mayo. Aparece la imagen de la Virgen con los distintos estamentos eclesiasticos y municipales que intervienen en la procesión.
Este panel es tal vez una de las más emotivas escenas de todos los bronces que figuran en esta puerta, ya que representa el momento en que los niños son izados ante la imagen de la Virgen de los Desamparados, poniendolos bajo su amparo y protección.
Este panel refleja el momento en que el papa Benedicto XIII aprueba la fundación de la Cofradia de la Virgen de los Desamparados en 1414. La escena que se desarrolla en la ciudad castellonense de Morella, la preside además del Papa, el rey de Aragón Fernando de Antequera y el santo valenciano San Vicente Ferrer.
Aquí vemos la escena en la que el padre Jofré cuando iba camino de la Catedral defiende a un loco del ataque de los niños, que al grito de al loco, al loco, lo persiguen y lo apedrean. Esta escena era muy habitual en las calles de la ciudad.
En esta escena se representa la asistencia de la Cofradia de la Virgen de los Desamparados a los reos condenados a muerte. Los condenados son acompañados por los miembros de la Cofradia que les dan asistencia moral y espiritual.
En otra escena se ha querido representar el Hospital dels Folls con la asistencia a los enfermos por parte de los cofrades de la Virgen de los Desamparados.
En esta escena podemos ver como la imagen de la Virgen de los Desamparados en su representación más antigua como imagen yacente es colocada sobre los ajusticiados para que le acompañe hasta el lugar de la sepultura. Es el origen de la actual imagen de la Virgen.
En el último panel se ha querido representar la realización de la imagen de la Virgen de los Desamparados por unos ángeles que se hacian pasar por peregrinos.
Casi justo enfrente, en la pared exterior de la Catedral en ese pasaje, podemos observar una estancia curiosa. Se trata de una pequeña capilla, protegida por una reja, en donde se realizó la primera misa después de que Jaume I reconquistara la ciudad en 1238. Una placa conmemorativa nos lo recuerda.

Enfrente de esta puerta si que podemos observar una capilla perteneciente a la Catedral con una imagen de San Vicente Ferrer, de factura moderna. Es precisamente en esta capilla donde se encontraba la imagen de la Virgen de los Desamparados antes de la construcción de su Basilica. Es la conocida como Capilla dels Tapiners.

La Basilica de la Virgen de los Desamparados es el primer templo que se construyó en Valencia en el siglo XVII, no alzándose sobre ninguna otra iglesia anterior, sino sobre los terrenos de la vivienda particular del que fuera arcediano mayor de la Catedral. Hay que señalar que la cúpula como ya hemos dicho no está centrada, sino desplazada hacia la Catedral.

A destacar como hecho curioso que la zona donde se encuentra la Basilica se corresponde con el foro románo de la ciudad de Valencia, recientes excavaciones realizadas en La Almoina asi nos lo indican. Cabe destacar que en la fachada principal de la Basilica podemos encontrar diversos sillares que no son más que lapidas e inscripciones de época romána y que fueron utilizados en la construcción.

Sobre los restos romános encontrados en la época de construcción de la Basilica, hay un libro escrito por Joseph Vicente Olmo en el siglo XVII que lleva por titulo "Lithología o explicación de las piedras y otras antiguedades halladas en las çanjas (lease zanjas) que se abrieron para los fundamentos de la capilla de Nuestra Señora de los Desamparados".

La decoración interior realizada en 1765 por Vicente Gascó es de corte clasicista: pilares, capiteles, frontones, ventanas, toda la ornamentación forma una sóla unidad estilistica.

Sant Vicent Martir (patrón de Valencia) y Sant Vicent Ferrer (patrón de la Comunidad Valenciana) custodian permanentemente a la Virgen en el interior de la basílica, en forma de estatuas de mármol blanco, obras de José Esteve Bonet del siglo XIX.

La imagen de la Virgen se encuentra depositada en el altar mayor y, a través de un mecanismo, gira hacia el camarín, accesible por una escalera, donde puede ser venerada.

La imagen de la "Mare de Deu" es una talla del siglo XV del más puro estilo gótico francés revestida según los gustos de los siglos XVII y XVIII, que presidía la antigua cofradia "del folls, ignoscents i desamparats" es decir, de los locos, disminuidos mentales y desamparados: condenados a la pena de muerte, sobre cuyos féretros, yacia como signo de amparo maternal.

Es la Patrona de Valencia y la imagen de la Virgen más venerada por todos los valencianos, conocida como madre de todos los valencianos y "mare dels bons valencians".

Los frescos de Palomino

La intervención en la cúpula de la Basilica de los Desamparados de Valencia ha servido para recuperar todo el color de los frescos que pintó Antonio Palomino en 1701, pero también ha rehabilitado el nombre de este artista y tratadista cordobés, pintor de cámara de Carlos II, cuya labor pictórica ha tardado siglos en reconocerse, aunque hoy es considerada fundamental en la producción mural del Barroco Español.

Palomino considerado en la actualidad una de las figuras más interesantes del periodo de transición del siglo XVII al XVIII, dejó una huella notable en Valencia (más que en ninguna otra ciudad), que podía ser mayor si los 1.200 metros cuadrados de bóveda pintados en la Iglesia de los Santos Juanes (serían el mayor fresco del mundo) hubieran sobrevivido a los cuatro incendios que casi arrasaron el templo durante la Guerra Civil.

Fue este edificio precisamente el motivo de su llegada a Valencia en 1697. El clero de la parroquia habia encargado una nueva decoración, pero no estaba satisfecho con los resultados iniciales, así que pidió la ayuda del rey. Carlos II envió a su pintor, Palomino, quien corroboró la impresión de los capellanes, vió el gran espacio que se ponia en sus manos y aceptó el reto. Se eliminó lo hecho y pintó el presbiterio y todas las bóvedas de la iglesia en los últimos años del siglo XVII. Solo una pequeña parte de aquella obra es hoy visible.

Acabado este trabajo, Palomino diseñó el programa pictórico de la cúpula de la Iglesia de San Nicolás, pero dejó el trabajo manual a uno de sus colaboradores, el valenciano Donís Vidal.

Pasó entonces a ocuparse de la bóveda de la Basilica de la Virgen, en la que, siguiendo la moda de finales del siglo XVII, se pretendia reformar su aspecto interior. En palabras del delegado del Patrimonio del Arzobispado de Valencia, Jaime Sancho, se trataba de convertir "el cofre cerrado" que era entonces aquel templo eliptico de inspiración renacentista en un "patio abierto". Palomino fue el encargado de poner el cielo a ese claustro (con sus balcones y columnas) que vemos hoy en el interior de la Basilica.

No se concoce con certeza qué tiempo le llevó la cúpula, aunque Sancho considera que no debió gastár mas de un año por las exigencias propias del trabajo al fresco: la última capa de enlucido se ha de aplicar la víspera de plasmar el dibujo, pues el temple ha de penetrar en la masa.

Ello implicaba también la necesidad de contar con un gran equipo de albañiles y artistas auxiliares. Primero se tuvó que construir la fina bóveda interior (de dos ladrillos de grosor), que ocultó la linterna renacentista. Después, hubo de prepararse la capa de enlucido, al tiempo que en el suelo los diseños de Palomino se plasmaban sobre papel. Estas hojas, que tenían unos pequeños agujeros en los trazos del dibujo, se sobreponian sobre el mortero aún fresco y se realizaba el estarcido: se soplaba el polvo de hollín sobre el papel, de manera que quedaban unos puntos negros sobre el muro. La mano del artista era la que luego los unía para perfilar el dibujo sobre el que se extendian los colores. Estos se fabricabán de pigmentos naturales (el rojo salía de unos insectos llamados "cochinillas") y cada maestro tenia su receta.

La intensidad de los trabajos llevados a cabo hizo que Palomino buscará descansó en Vall d'Uixó hacia 1703. Allí, en gratitud a los duques de Segorbe, dejó su última obra en tierras valencianas: los frescos del ábside de la parroquia del Santo Angel.

La Basilica de la Virgen y la Plaza de la Virgen en el recuerdo