Declarado en 1942 Monumento Histórico Artístico Nacional. Desde 1858 y por decreto de la reina Isabel II, la iglesia ostenta el titulo de Real Iglesia.

La iglesia se levanta sobre una de las antiguas mezquitas musulmanas de la ciudad. Tiene cuatro fachadas: la principal situada a los pies, recae a la plaza de Brujas, la trasera a la plaza del Mercado y las laterales la situada al sur a la calle Vieja de la Paja mientras que la norte a la plaza de la Comunion de San Juan.

La primitiva iglesia de "Sant Joan del Mercat", (siglo XIII) se alzó en el arrabal de la ciudad conocido como "la Boatella", fuera de las murallas musulmanas. De su antigua estructura gótica aún queda la nave, los contrafuertes y el gran óculo cegado, conocido como "la O de Sant Joan", que fue concebido como un gran rosetón en la fachada de los pies, pero que nunca se llegó a abrir. También son góticos unos arcos apuntados en la plaza de la Comunión de San Juan.

En su origen se trataba de un templo gótico, de una sola nave, con capillas laterales entre los contrafuertes y cubierta con bóvedas de crucería. A principios del siglo XIV un incendio obligó a reedificarla siguiendo el mismo estilo.

En 1592 (siglo XVI) la iglesia sufrió un aparatoso incendio que obligó a una reconstrucción casi total a lo largo de los siglos XVII y XVIII. La nueva construcción se basaba en un nuevo concepto decorativo y dinamico, el barroco exuberante, de tendencia italiana y centroeuropea, en el que tienen una decisiva responsabilidad artistas italianos como Jacobo Bertessi (de Cremona) y Antonio Aliprandi (de Milan). De esta época es donde le viene su actual configuración.

En esta reconstrucción siguió conservando una nave única, el interior fué totalmente modificado y se cubrió con bóveda de cañon; se construyó la fachada barroca de la cabecera y la puerta del lado sur, amen de otras reformas que cambiarón la fisonomia de la misma. La nave central está formada por siete tramos, con capillas laterales y presbiterio poligonal decorado en 1628 con un retablo del escultor aragonés Juan Miguel de Orliens (retablo hoy desaparecido).

Se construye en este tiempo entre 1644 y 1653 (siglo XVII) la Capilla de la Comunión por indicación directa del arzobispo de Valencia San Juan de Ribera. El Santo Patriarca preside y predica en la colocación de la primera piedra de lo que sería la gran reforma del templo. La capilla fué bendecida en 1653. Entre 1782 y 1786 Jose Vergara pintó en la cúpula de la capilla, los frescos sobre la Exaltación de la Eucaristia.

Fachada principal Plaza de Brujas. En la reforma se abrió en la fachada de los pies, la portada barroca bajo el gran óculo de piedra en cuyo interior se abrió una ventana rectangular. Este de origen medieval siempre ha estado cegado pese a lo que pudiera parecer. Se desconoce el motivo por el que no fué abierto pero se especula con la posibilidad que dado el tamaño del mismo no hubo voluntad de acometer una obra de tal envergadura. En la actualidad podemos ver en el óculo una ventana rectangular que fué abierta en su día, con bastante mal gusto y mala leche. En esta portada destaca el cordero (simbolo de Juan el Bautista) y el aguila (simbolo de San Juan Evangelista), los Santos Juanes titulares de la iglesia. El aguila se situa en el interior del óculo mientras que el que cordero a menor tamaño se situa en la misma portada.

A los pies de la iglesia encontramos la torre de tres cuerpos, la parte inferior conserva una ventana circular que nos recuerda su pasado gótico; mientras que la parte superior es plenamente barroca. Realizada a mitad del siglo XVII.

El nombre de las campanas son: El Borrego (1738), el Rafelet (1942), el Joanet (1942), El Roc (1942), La Maria (1942), El Pere (1942) y el Joanot (1942).

Más información sobre las campanas en Campaners de la Catedral de Valencia

Fachada lateral sur Calle Vieja de la Paja. En esta fachada lateral se elevó el muro y en ella se abrierón ventanas rectangulares. Este nuevo aditamento tapa casi completamente los contrafuertes. Asi mismo se construyó una nueva portada de estilo barroco. De la simple visión de esta fachada se adivina que esta quedó inacabada, seguramente por razones económicas.

Fachada lateral norte. Pl.Comunión de San Juan. En esta plaza se construyó la Capilla de la Comunión antes citada. Podemos ver una puerta de acceso a esta capilla y otra puerta que da acceso al interior de la iglesia. Estas portadas son las mas sencillas de todas las puertas de que dispone la iglesia. Al otro extremo de la fachada dos arcos góticos rehundidos, recuerdo de la antigua fabrica, que bien podría tratarse de nichos sepulcrales o capillas.

En esta fachada podemos encontrar un panel de azulejos con una oración del Cardenal Benlloch a la Virgen de los Desamparados.

Fachada trasera Pl.del Mercado. Destaca por lo infrecuente la amplia fachada del Mercado, concebida como un grandioso retablo de piedra sobre una terraza que domina la plaza frente a la Lonja, formando un conjunto urbanístico único.

En la parte baja de la terraza se abren "les covetes de Sant Joan", semisótanos en los que antaño se ubicaban chatarrerías y tiendas de viejo, parte de la historia viva de Valencia.

La fachada es obra barroca de Jacobo Bertessi y Antonio Aliprandi. En la fachada, encontramos en su parte superior y de izquierda a derecha cuatro estatuas exentas que representan a San Francisco de Borja con la corona ducal, San Juan Bautista, San Luis Bertrán y San Juan Evangelista, talladas de la mano de Leonardo Julio Capuz y Felipe Coral.

En el centro de esta parte superior, un campanil triangular con un reloj y tres pequeños balcones de hierro, flanqueados por dos columnas salomonicas; el campanil se remata con unas pequeñas esculturas de San Vicente Mártir, San Vicente Ferrer y San Lorenzo mártir. En lo mas alto una piramide con una esfera sobre la que descansa la veleta. Todo el conjunto profusamente decorado con motivos propios del barroco y los simbolos de los evangelistas.

La veleta es una representación del águila del Apócalipsis con el tintero en la boca, está construida en metal y es obra junto con la esfera de Antonio Almela y Gregorio Ucell. Recibe el nombre de "pardal de Sant Joan", a la que según cuenta la tradición se hacía mirar a los niños cuando sus humildes padres los abandonaban en la plaza.

En el centro de este retablo en piedra que es la fachada y en medio de las dos puertas que permiten el acceso a las sacristias encontramos una imagen de la Virgen del Rosario, obra en estuco de Jacobo Bertessi. La imagen que se encuentra bajo un tejadillo sostiene entre sus manos una esfera con las letras JHS y tres clavos y en la otra mano un rosario. La Virgen se eleva sobre una nube sostenida por dos angeles.

A ambos lados sendas puertas barrocas con imagenes en sendas hornacinas que representan a San Juan Bautista y a San Juan Evangelista. Estas puertas permiten el paso a las sacristias y estan realizadas en 1700.

Interior El interior del templo es de una desbordante imaginación barroca, con estucos de Jacobo Bertessi. Grandes figuras que representan a personajes de las Doce Tribus de Israel, salidas de la mano de Bertessi y sobre todo, el conjunto de los frescos que ejecutó Antonio Palomino en la bóveda de la iglesia.

El responsable del programa iconógrafico pictórico fue el canónigo de la Xátiva Vicente Victoria, y le fué encomendado al pintor Vicente Guilló, pero ante la incompetencia de este para realizarlo tuvo que dejarlo y se encomendó la obra al pintor de camara del rey, Antonio Palomino.

Podemos encontrar tres niveles decórativos: el primero formado por las imagenes (esculturas) de Jacob y las doce tribus de Israel, el segundo formado por las pinturas de los ovalos que sobre los arcos de las capillas laterales y el presbiterio narran la vida de los Santos Juanes, y el tercer nivel, las pinturas al fresco de la bóveda.

Los frescos de Palomino son tal vez junto con la fachada antes descrita de lo mejor que podemos encontrar en esta iglesia. Los frescos fuerón concluidos por Antonio Palomino en el año 1701. Su tématica desde el presbiterio hasta los pies es amplisima: La gloria de la Santisima Trinidad, El libro de los siete sellos con el cordero, la Inmaculada con la luna en los pies, los Santos Titulares, los coros de las virgenes, los patriarcas, los doctores, los angeles, los santos del Apocalipsis, San Vicente Ferrer y la lucha de San Miguel con Lucifer y los demonios.

En los lunetos de las ventanas aparecen los Apóstoles sentados sobre tronos y nubes. A los pies: la humildad, la Verdad y la paz y San Judas Tadeo.

En 1861 Luis Lopez restauró las pinturas que se encontraban en mal estado, pero en 1936 a raiz de los daños e incendios sufridos durante la Guerra Civil quedarón ennegrecidas, estando en este momento en proceso de recuperación. Una parte cuyas pinturas no han podido ser recuperadas son la que cubrian la bóveda del presbiterio. El Retablo Mayor desapareció como consecuencia del fuego.

El actual retablo mayor de la iglesia procede de la desaparecida iglesia de Betolaza en Álava. Consta de dos cuerpos y es de madera policromada y dorada. En la hornacina central se alberga la imagen de la Inmaculada y a su lado en sendas hornacinas imagenes de San Pedro y San Pablo. En el atico Cristo en la Cruz. A ambos lados del retablo encontramos dos imagenes una de San Juan Bautista y otra de San Juan Evangelista obras de Octavio Vicent, con sus animales simbolicos a los pies.

En la nave encontramos trece grandes figuras en escayola sobre un pedestal, representan a Jacob y las doce tribus de Israel, obras de Bertessi y representan la historia de la salvación de los egipcios. Han sido restauradas y se les ha colocado el nombre de cada tribu a cada una de ellas. Fuerón realizadas en torno al año 1700.

En el lado del evangelio; mas cercano al presbiterio, Ruben con una corona en la manos y a sus pies un cantaro como simbolo de la fortuna que ha dilapidado, le sigue Leví (como sacerdote), Simeón con espada en alusión a su carácter violento, Judá con cetro y corona y un león a sus pies (El león de Judá), Dari (juez) con una serpiente anudada e Isacar con un arado en la mano en alusión a su vida de campesino.

En el centro de la nave junto a la puerta de entrada a los pies de la iglesia, continuan Zabulón, con un ancla en las manos y Jacob padre de las doce tribus.

En el lado de la epistola comenzando por los pies de la iglesia, Gad vestido de militar, Aser con un haz de trigo, Neftalí con un cuervo, José con flechas y Benjamin con un perro que defiende a los ganados. A destacar que mientras en el el lado del evangelio encontramos seis figuras, en el lado de la epistola, sólo encontramos cinco, ello es debido a que junto a la puerta de la calle que desemboca en la calle Vieja de la Paja, en el lugar donde podía ir la sexta figura se encuentra un púlpito en alto.

Los ovalos pintados al fresco narran la vida de los Santos Juanes, San Juan Bautista en el lado del evangelio y San Juan Evangelista en el lado de la epistola. Cada ovalo esta flanqueado por figuras alegóricas en relación a la escena.

La Capilla de la Comunión Tiene su acceso desde el lado del evangelio y su planta es rectangular, con un pequeñisimo transepto y una cúpula sobre pechinas en el crucero. Se cubre con bóveda de cañón. El testero del Altar Mayor es recto y en el mismo encontramos un retablo con la imagen de la Virgen rodeada de una gloria de ángeles. En los extremos del pequeño transepto encontramos dos pequeñas estructuras preparadas para recibir un retablo o unas imagenes, pero que en la actualidad estan vacios. Toda la capilla se encuentra decorada en estilo neoclásico con pinturas al fresco, sobre todo en cúpula y pechinas.

En la capilla podemos encontrar dos grandes figuras exentas realizadas en piedra, procedentes problablemente del exterior de la iglesia y que a falta de mejor ubicación han sido colocadas en la capilla con bastante poco acierto.

La Iglesia de los Santos Juanes en el recuerdo