La iglesia se encuentra en la plaza de san Vicente Ferrer, aunque esta plaza es conocida popularmente e impropiamente como la de los patos. Una lápida conmemorativa colocada en la fachada del templo nos indica su nombre. En la placa se puede leer: El Altar del Mercat, per suscripció popular. Abril 1931. La lápida va firmada por A. Devesa, probablemente sea el orfebre valenciano Agustín Devesa Olmos. Declarada en 1982 Monumento Histórico Artístico Nacional.

Este modelo de iglesia deriva en fachada y planta de la iglesia de Il Gesú de Roma, obra del italiano Jacopo de Vignola (* Vignola-Italia 1507 † Roma 1573), iglesia que tuvo una inmensa repercusión en la arquitectura eclesiástica europea de los siglos XVII y XVIII.

La Congregación del Oratorio, fue fundada en Roma por Felipe Neri (* Florencia 21-07-1515 † Roma 26-05-1595) en 1558. En 1622, Felipe Neri sería canonizado y por extensión comenzaría a denominarse Congregación del Oratorio de san Felipe Neri. En tierras valencianas la actividad oratoriana fue impulsada por el paborde de la catedral, Luis Crespí de Valldaura y Brizuela (* Valencia 02-05-1607 † 19-04-1663). Luis Crespí realizó sus estudios en el Estudi General (Universidad) obteniendo los títulos de bachiller en Artes y Teología, doctorándose más tarde en esta última disciplina. Con el tiempo ocuparía los cargos de obispo de Orihuela (entre 1652-1658) y de Plasencia (1658-1663). Realizaría diversas embajadas del rey Felipe IV ante la Santa Sede de Roma y es en esa ciudad donde conocería la obra de san Felipe Neri y donde surge la idea de establecer la Congregación en nuestra ciudad, cosa que lograría con grandes oposiciones en 1645 cuando el rey Felipe IV autoriza la fundación. Cuenta con la aprobación del arzobispo de Valencia Isidoro Aliaga (arzobispo entre 1612 y 1648), quien en 8 de septiembre de 1645 les autoriza a reunirse en la iglesia de san Juan del Hospital, donde establecen inicialmente su lugar de culto.

Al poco tiempo la congregación compra una casa propiedad de Ana Campos, esta se encontraba en terrenos donde ahora se levanta la actual capilla de la comunión de la iglesia oratoriana y albergaba un "corral de comedias". En 1648 el cabildo autoriza a usar este local como oratorio y así que pudieran dejar su anterior ubicación en san Juan del Hospital. El 18 de diciembre de 1648 se consagró con una primera misa el oratorio de la congregación de san Felipe Neri en Valencia.

La Congregación del Oratorio de san Felipe Neri construyó sobre este antiguo oratorio, una monumental iglesia y un oratorio anexo (hoy desaparecido) entre los años 1725 y 1736, según planos atribuidos al padre Tosca y con el apoyo económico del arzobispo de Valencia, Pedro de Urbina (arzobispo entre 1649 y 1658). Esta iglesia es la que hoy podemos contemplar en nuestra ciudad.

En 1836, al ser declarado en ruinas el templo parroquial de santo Tomás Apóstol, se unió la titulación de aquella parroquia a la presente de san Felipe Neri en 10 de diciembre de 1836, pues los padres filipenses habían abandonado el oratorio por las leyes de exclaustración de 1835. De aquí toma su actual nombre de iglesia de santo Tomás y san Felipe Neri popularmente conocida como iglesia de La Congregación. La antigua iglesia de santo Tomás Apóstol se encontraba en la confluencia de las calles Avellanas y Cabillers, pegada al palacio arzobispal y finalmente sería demolida en 1862 ante su avanzado estado de deterioro.

Durante la guerra de la independencia el templo sufrió grandes desperfectos e incluso fue utilizado como almacén, mientras que el convento-oratorio era usado como cuartel por las tropas francesas. Con la desamortización de Mendizábal de 1835 templo y convento tuvieron que ser abandonados. La iglesia reanudó su culto en 1836 con la incorporación de la parroquia de santo Tomás y el convento siguió siendo utilizado como cuartel hasta 1854.

Junto a la iglesia y la torre-campanario, con fachada a la actual calle del Conde de Montornés se encontraba el convento. El oratorio ocupaba el espacio hasta la actual calle del Gobernador Viejo, su fachada se encontraba adornada con ventanas y su puerta de corte clásico se encontraba rematada por un frontón triangular. Después de la exclaustración de 1836 el oratorio fue usado como colegio de oficiales del ejercito, como cuartel hasta 1854 y finalmente demolido para construir nuevos edificios. Como hecho anecdótico podemos decir que parte de los elementos del claustro fueron utilizados en la prolongación del muelle de Levante del Grao de Valencia. Conocemos parcialmente su aspecto gracias a un dibujo de José Vergara donde se puede observar parte de su fachada y su portada.

Fachada principal Fruto del ingenio del fraile oratoriano y arquitecto Padre Tosca, fue la fachada de la iglesia, construida con ladrillos pintados en rojo, de aquellas que llaman "de orden compuesto" pues en sus tres cuerpos aparecen, sucesivamente, pilastras de los órdenes dórico, jónico y corintio. Además hay toda una serie de motivos ornamentales, como un medallón o altorrelieve en el que aparece representada la aparición de la Virgen a San Felipe Neri uno de los titulares del templo. En el altorrelieve, obra de Ignacio Vergara Gimeno, San Felipe Neri aparece representado en arrebatado éxtasis, mientras que la Virgen está rodeada de rayos y de grupos de ángeles.

La fachada de la iglesia está formada por dos cuerpos de desigual anchura y altura, están separados por una enorme cornisa con un frontón curvo, y en la cima ostenta una gran frontón triangular con el anagrama de la Virgen María sobre la serpiente-demonio, símbolo de la victoria de la Virgen sobre el pecado.

Sobre un zócalo de piedra, se levanta el primer cuerpo. Este se articula en ocho grandes pilastras de orden gigante en cuyo centro queda enmarcada la puerta adintelada realizada en piedra. Flanquean la portada dos columnas con capiteles corintios, el fuste se decora en su tercio inferior con notas emblemáticas de la Congregación mientras que en los dos tercios superiores el fuste es acanalado. Sobre la portada, en las vertientes del frontón curvo partido, dos imágenes femeninas alegóricas que representan a la Virginidad adornada con las flores de la pureza y la Oración que sujeta el incensario del culto divino. En el centro del frontón el altorrelieve de San Felipe Neri antes comentado que queda enmarcado por dos pilastras y un pequeño frontón triangular. Sobre el dintel de la puerta campea el escudo de la monarquía española.

A ambos lados de la puerta y en sendas hornacinas coronadas por frontones curvos las esculturas de San Francisco de Sales obra del escultor valenciano Juan Bautista de Borja (1692-1757) y San Carlos Borromeo obra de Jaime Molins. Ambos personajes fueron seguidores o amigos de San Felipe Neri y protectores de la Congregación.

Separando el primer cuerpo del segundo, un gran frontón curvo central y un sencillo arquitrabe con la única decoración de un friso formado por pequeños modillones denticulados y ocho ménsulas floradas.

El segundo cuerpo se articula con seis pilastras de orden compuesto y dos hornacinas con imágenes de San Gregorio (a la izquierda) y San Jerónimo con el león (a la derecha). En el centro un ventanal adintelado coronado por un frontón curvo En las esquinas de la cornisa aparecen Santo Tomás Apóstol y San Esteban, santos titulares de las parroquias a cuya demarcación correspondía la Congregación.

En el ático de la fachada encontramos una balaustrada en piedra en los que campean cuatro braseros encendidos y en los extremos de la baranda, se ha reservado para las esculturas de San Juan Bautista con el cordero y San Juan Evangelista con el símbolo del águila. Centra el ático un frontón triangular en cuyo centro encontramos el anagrama de la Virgen María.

En resumen la fachada principal muestra una clásica distribución de imágenes y espacios según el barroco defendido por Vignola, con estatuas de artistas como Juan Bautista Borja, Jaime Molins y el altorrelieve de Ignacio Vergara.

En la fachada recayente a la calle Trinquete de Caballeros encontramos una pequeña puerta secundaria al templo. Destaca por la presencia en su frontón partido del escudo del arzobispo de Valencia Pedro Urbina (1649-1658), gran protector de la Congregación en sus primeros momentos de implantación en nuestra ciudad. Este se compone de dos cuarteles, a la izquierda: el árbol de Vizcaya con dos lobos pasantes y en el cuartel derecho diez panelas con forma de corazón u hojas de álamo según autores.

Campanario La torre campanario de planta cuadrada (5,5 metros de lado) estaría concluida en 1732, tiene 45 metros de altura, se sitúa en el lado de la epístola y tiene 106 escalones. Se compone de tres cuerpos de distinta composición, el cuerpo inferior alberga cuatro pisos, señalados al exterior por tres vanos abiertos en el muro y el cuarto piso por el reloj de sol y la fecha de 1732.

El segundo cuerpo aloja la sala de campanas, al exterior se decora con pilastras de orden toscano entre las ventanas y un cornisamiento con un friso de modillones denticulados que sustenta una balaustrada con decoración de obeliscos y de bolas.

El tercer y último cuerpo lo compone un edículo formado por dos linternas superpuestas y rematado en una veleta.

Las campanas originales desaparecieron durante la Guerra Civil Española, las actuales aunque antiguas fueron colocadas al finalizar el conflicto y sus nombres son: Vicent María (2008), Triple (1655), La Tercera (1692), San Felipe Neri (1940) y Sant Tomàs Apòstol (1940)

Interior del templo El interior es de una sola nave y tres tramos, planta de cruz latina, bóveda de cañón con lunetos, seis capillas laterales (tres por lado) comunicadas entre si y cubiertas con cúpulas semi-esféricas con linternas, nave de transepto con crucero y presbiterio de testero recto. Los sitiales del coro, tallados en madera, se sitúan en el presbiterio a razón de cinco por lado.

La bóveda apoya en grandes pilastras con basas y pedestales de jaspes. La parte inferior de los muros se decora con cerámica de azulejos de Alcora.

Las dimensiones del templo son espectaculares: la fachada tiene 29 metros de anchura y 24,45 metros de altura. La cúpula sobre el crucero mide 47 metros de altura y 11,5 metros de diámetro. La longitud de la nave central es de 37,30 metros y la anchura de la nave del transepto tiene 27,20 metros. Todo el conjunto suma un total de 45.976 metros cuadrados.

Las capillas laterales son, comenzando por la cabecera:

Lado del evangelio

• Retablo de San José (nave del transepto) realizado por Francisco Hurtado Soto (* Alboraya 1913 † 1958) y por Varea. De inspiración barroca. En la hornacina central encontramos la talla de San José con el Niño obra del escultor Melitón Comes (* Aldaya 10-03-1871), mientras dos ángeles portan elementos iconográficos que le son propios, la sierra de carpintero y una iglesia como patrono universal de la misma. A ambos lados de la hornacina, entre las columnas que forman el retablo dos tallas del Arcángel San Miguel a la derecha y del Arcángel San Rafael con Tobías a la izquierda. En la hornacina inferior talla del Ángel de la Guarda. En el ático una escultura de bulto redondo representando a San Pedro con las llaves del Reino de los Cielos. Con anterioridad la capilla se encontraba bajo la titularidad de San Pedro.

En el basamento ocho pinturas de la vida de Jesús: la Anunciación, El Nacimiento, La Circuncisión y la Presentación en el Templo a la izquierda y la Huida a Egipto, la Sagrada Familia, Jesús entre los doctores del templo y la Muerte de San José a la derecha.

En el muro lateral encontramos una gran pintura montada sobre tabla sustituyendo a la pintura que tuvo que tener la decoración del marco que la contiene y que por fotografías antiguas sabemos que se trataba de una obra de José Vergara con una representación de San Felipe Neri en la Gloria. La actual que podemos ver es un lienzo sobre marco de madera obra de José Vergara Gimeno que en origen se encontraba a los pies del templo y que representa a San Felipe Neri entregando al Papa las Constituciones del Oratorio para su aprobación.

Sobre este lienzo y sobre la puerta de entrada a la capilla de la Comunión, dos altorrelieves en yeso de dos doctores de la iglesia, San Agustín y Santo Tomás de Aquino. En el suelo lápida sepulcral de Vicente Adalid Muñoz fallecido en 1795.

• Capilla de la Santísima Trinidad, antes conocida como de Nuestra Señora del Rosario. La preside un retablo de madera en su color natural obra de Francisco Hurtado Soto (siglo XX), en cuya hornacina central encontramos el grupo de la Santísima Trinidad de José Hidalgo. Sobre la mesa del altar pequeña figura del Cristo de Sant Bult de especial tradición en el barrio de la Xerea donde se encuentra ubicada esta iglesia.

En las pechinas de la cúpula encontramos las figuras de san Ildefonso, san Andrés Corsini, San Bernardo y san Pedro Pascual, todos salidos de la mano de Antonio Richarte. En los muros laterales dos medallones de san Luis Bertrán y santo Domingo de Guzmán, ambos realizados por José Vergara. En el suelo lápida sepulcral de doña María Laurentia de Mercede Tinagero de Escalera fallecida en 1780.

En esta capilla podemos encontrar las figuras de San José y de la Virgen María, pertenecientes a un Nacimiento y que proceden del Monasterio de Sigena en Huesca.

• Capilla de la Virgen de los Desamparados, retablo realizado en madera en su color natural por Francisco Hurtado Soto. Antes conocida como Capilla de San José. Bajo la hornacina de la patrona de Valencia, encontramos otra hornacina con una pequeña imagen de la Virgen de Oreto dando el pecho a su hijo. La virgen de Oreto es patrona de la población valenciana de Alcudia; en la base del pedestal dice: BEATA MATER ET.

En las pechinas de la cúpula frescos de Antonio Richarte: San Leandro, Santa Florentina, San Isidoro y San Fulgencio. En los muros laterales medallones de San Pablo ermitaño y San Cristóbal, ambos del pintor Vicente López. Las pinturas de los muros laterales han desaparecido. En el muro lateral izquierdo lápida funeraria de Pedro Pantoix († 1683).

• Capilla Bautismal o de San Juan Bautista (antes de san Pascual Bailón). Preside un retablo de inspiración barroca de Francisco Hurtado Soto (siglo XX). Centra el retablo una talla en madera de san Juan Bautista bautizando a Cristo. A ambos lados dos esculturas, a la izquierda San Francisco de Paula y a la derecha Santa Julia con la palma del martirio y la cruz de Cristo, obra del taller-estudio Román y Salvador (Luis Carlos Román López y Vicente Salvador Ferrandis).

En las pechinas de la cúpula: pinturas de Antonio Richarte representando a santa Catalina mártir, santa Bárbara, santa Lucía y santa Inés. En los muros laterales medallones del beato Nicolás Factor y san Pedro de Alcántara. Lápida sepulcral del padre Francisco Climent fallecido en 1689. Los lienzos de los muros laterales han desaparecido.

Lado de la epístola continuando por los pies

• Capilla de San Antonio de Padua. Retablo de inspiración barroca en madera sin pintar de Francisco Hurtado Soto (siglo XX). En el centro del retablo encontramos en el interior de una hornacina la imagen de San Antonio de Padua talla de José Hidalgo. Bajo la hornacina una pequeña imagen de Santa Teresa de Jesús con libro, pluma y bonete, doctora de la iglesia.

En las pechinas de la cúpula, cuatro pinturas al óleo sobre mortero con las figuras de Santa Apolonia, Santa Úrsula, Santa Cecilia y Santa Águeda, obra de mediados del siglo XVIII del pintor Antonio Richarte (* Yecla 1690 † 1764). En los muros laterales dos lienzos enmarcados en yeserías representando dos milagros del santo: el milagro del mulo reverenciando al Santísimo Sacramento y el milagro de los peces escuchando el sermón del santo, ambas obras de Antonio Richarte. En los muros laterales de la capilla, en la parte superior, dos pequeños tondos al fresco enmarcados en yeserías, con pinturas de Antonio Richarte representando el de la derecha a San Diego de Alcalá (fray Diego de San Nicolás) y el de la izquierda a San Bernardino de Siena, ambos frailes franciscanos al igual que el titular de la capilla.

Lápidas sepulcrales de Antonio José Cebrián Tárrega († 1787) y de José Tárrega Carigñena († 1799).

Junto a la capilla a los pies del templo, talla en madera de Jesús Crucificado, obra tallada en 1941 por Vicente Benedito Baró (* 1884 † 1956). Además encima del cancel de la puerta, un lienzo enmarcado en yesería con una representación de San Juan de Ribera asistiendo a San Luis Bertrán enfermo.

• Capilla del Santísimo Cristo de la Buena Muerte. Con anterioridad dedicada a Santa Lucía. Retablo de inspiración barroca de Francisco Hurtado Soto (siglo XX). Preside el retablo Cristo Crucificado y junto a él, la Virgen y San Juan, realizados por el escultor José Arnal García. En la hornacina inferior talla de San Vicente de Paul.

La cúpula apoya en pechinas decoradas con imágenes pintadas de San Atanasio, San Juan Crisóstomo, San Gregorio Nacianceno y San Basilio, obras de Antonio Richarte (* Yecla-Murcia 1690 † Valencia 1764). En los muros laterales medallones de Santo Tomás y San Esteban, del pintor José Vergara Gimeno. En el suelo lápida sepulcral de Serafina Adriá fallecida en 1660. Bajo el altar imagen de Cristo yacente obra en madera en su color natural de José María Hervás Benet (* 1912 † 1996). Las pinturas de los muros laterales han desaparecido y en la actualidad se encuentran sus marcos vacíos.

• Capilla de la Virgen del Carmen, antes conocida como capilla de San Francisco de Sales. Preside la capilla un retablo de inspiración barroca en madera color natural, de Francisco Hurtado Soto (siglo XX). En la hornacina central imagen de la Virgen del Carmen, titular de la capilla, obra de Vicente Rodilla Zanón. En la hornacina inferior del retablo, talla de Santo Domingo de la Calzada. Sobre la mesa del altar imagen de Nuestra Señora de la Merced patrona del gremio de horneros y pasteleros cuya casa gremial se encuentra en la demarcación de la parroquia.

En las pechinas de la cúpula: San Miguel Arcángel, San Gabriel Arcángel, San Rafael Arcángel y el Santo Ángel Custodio, del pintor Antonio Richarte. En los muros laterales (parte superior) medallones de San Vicente Ferrer y San Vicente Mártir de José Vergara Gimeno. Las pinturas de los muros laterales (parte inferior) han desaparecido y permanecen en la actualidad vacíos, aunque se sabe que eran escenas relativas a san Francisco de Sales. En el suelo lápida funeraria de doña María Gratia de Boxadors i Pinós fallecida en 1746.

• Retablo de la Virgen de la Saleta obra de inspiración barroca de Francisco Hurtado Soto. Siglo XX (nave del transepto). Con anterioridad el retablo se encontraba bajo la advocación de San Francisco de Asís. En los laterales del retablo dos pequeñas imágenes de La Virgen de Lourdes y la Virgen de Fátima del escultor valenciano José María Hervás Benet. En el nicho central escena de la Virgen de la Saleta con los niños Maximino y Melania, obra del siglo XX del Taller-Estudio Román y Salvador (Luis Carlos Román López y Vicente Salvador Ferrandis). Bajo la hornacina de la Virgen de la Saleta, una pequeña talla de la Virgen del Pilar. En el ático del retablo óleo sobre lienzo de San Francisco de Sales. En el zócalo del retablo ocho pinturas realizadas en 1946 por F. Calatayud y que representan a San Vicente Ferrer, San José, San Fernando rey y Santa Margarita María de Alacoque, a la izquierda y al jesuita Padre Hoyos, San Dámaso, San Vicente Mártir y San Juan Mata a la derecha.

En uno de los muros laterales encontramos un gran óleo enmarcado en yesería con decoración rococó y pequeños ángeles con una representación del entierro de San Felipe Neri en Roma, obra de José Vergara Gimeno. Sobre la puerta de entrada a la sacristía y sobre el lienzo antes descrito, medallones en escayola de dos doctores de la iglesia San Jerónimo y San Buenaventura.

Capilla Mayor El Altar Mayor se encuentra elevado sobre el nivel de la iglesia por seis gradas, en él encontramos un gran retablo en madera en su color natural, de 19 metros de altura, copia realizada por Francisco Hurtado Soto después de la Guerra Civil ya que el original fue destruido durante la contienda.

Preside el retablo en la hornacina central una gran figura de Santo Tomás Apóstol tallada por José Arnal García, de 3,60 metros; en ambos extremos dos esculturas de bulto redondo en el interior de hornacinas, a la izquierda una figura de San Felipe Neri y a la derecha San Vicente Ferrer, ambas del Taller de Rausell y Llorens. En la parte superior de estas figuras dos medallones con retratos de arzobispos valencianos, el que figura arriba de San Vicente Ferrer, el arzobispo San Juan de Ribera y el situado sobre San Felipe Neri, Santo Tomás de Villanueva.

En el segundo piso, una tabla con una representación de Cristo azotado por los sayones romanos, pintura anónima del siglo XV procedente de un taller de Xátiva; en los extremos dos pinturas de los arcángeles San Rafael y San Gabriel salidos de la mano de Manuel Diago Benlloch y junto a ellos dos esculturas de bulto redondo, a la izquierda San Pedro y a la derecha San Pablo, del Taller de Rausell y Llorens. En el frontón partido de la hornacina central dos tallas en madera con sendas alegorías (la Pureza y la Oración). En el ático lienzo de la Inmaculada Concepción de Manuel Diago Benlloch.

En la parte inferior del retablo, encontramos ocho pinturas de Manuel Diago Benlloch, las situadas bajo las esculturas de los santos corresponden al Regreso del hijo pródigo y al Sacrificio de Isaac, las seis restantes situadas bajo las columnas estriadas representan a diversos Apóstoles. En el centro cerrando el sagrario, pintura del Salvador realizado por José Vergara Gimeno.

El Taller de Rausell y Llorens estuvo formado por José María Rausell Montañana (* Meliana 1898 † 1984) y Francisco Llorens Ferrer (* Moncada 1902 † 1963).

En la bóveda del presbiterio, en su centro un lienzo pegado al techo de José Vergara Gimeno con escena de Santo Tomás Neri entrando en la Gloria Celestial. En los lunetos dos óleos también de Vergara con una escena de la vida del santo y otra escena representando un milagro atribuido al mismo. En los muros laterales cuatro lienzos enmarcados en yeserías en conjunto de dos y dos. A la derecha San Lorenzo Mártir y San Francisco de Sales, el primero de Jerónimo Jacinto de Espinosa y el segundo de Vicente López Portaña. A la izquierda San Antonio de Padua y San José ambos también de Vicente López Portaña. Bajo los lunetos dos medallones en altorrelieve con los bustos policromados de San Gregorio Magno y San León Magno.

Una puerta realizada en piedra negra en el lado izquierdo del presbiterio comunica con la Capilla de la Comunión, en la parte superior de la puerta una inscripción dice: "Laudate Dominum" que se puede traducir como "Alabemos al Señor". Otra puerta también del mismo material a la derecha comunica con la sacristía y en la parte superior dice: "Onmes gentes" que se puede traducir como "todas las naciones". Ambas descripciones son en realidad el primer párrafo de un conocido salmo: "Laudate Dominum, onmes gentes" (Alaben al Señor, todas las naciones).

En el crucero del templo se yergue majestuosa una artística cúpula con tambor octogonal al exterior pero circular por el interior, rematada por cupulín y linterna. En el tambor ocho ventanales coronados por frontones se abren al exterior y proporcionan luz al interior del templo. Las pechinas se decoran con pinturas de los cuatro evangelistas, San Lucas realizada por Antonio Richarte en el siglo XVIII y San Mateo, San Marcos y San Juan por José Vergara Gimeno. La cúpula se cubre al exterior con tejas azules y tiene un diámetro aproximado de 14 metros y una altura desde el suelo de 47 metros.

En el lado del evangelio encontramos el púlpito en madera de nogal, destacable por la presencia de un San Vicente Ferrer como Ángel del Apocalipsis tocando una gran trompeta anunciando el mismo desde la parte superior del tornavoz. Tallado en los laterales del púlpito, cuatro representaciones figuradas de San Mateo, San Lucas, Santo Tomás y San Juan.

En este templo se guardan lienzos de Jerónimo Jacinto de Espinosa, José Vergara Gimeno, Vicente López Portaña, así como diversas tablas góticas atribuidas a Joan de Joanes, repartidas por las capillas y sacristía del mismo y generalmente no expuestas al público. Uno de los cuadros guardados en la antesacristía es el óleo sobre lienzo de José Vergara Jimeno que lleva por título: " Visita de san Felipe Neri al papa Gregorio XIII" realizado hacia 1780/1790.

Siguiendo sus deseos, a los pies del templo fue enterrado el célebre pintor José Vergara Gimeno, bajo una lápida que ya no se encuentra a la vista, un epitafio decía: "Aquí yace / D. Joseph Vergara y Ximeno / célebre profesor de pintura / y en todas las partes eminente / promotor y uno de los fundadores / de la Real Academia de San Car / los, Director General de la misma / y académico de mérito de la / Real de San Fernando, murió en Valencia, su patria, el día 9 de marzo / 1799 a los 72 años, 9 meses y 7 / días de su edad, rueguen por su alma".

Capilla de la Comunión o Capilla del Santísimo A la izquierda del presbiterio se encuentra la Capilla de la Comunión. Sobre la puerta de acceso a la capilla una inscripción dice: "Aquí está el Santísimo". Sala de planta rectangular (7 x 12 metros) de tres tramos dividida por dos arcos fajones, cubierta con bóveda de cañón rebajada y lunetos. Esta apoya sobre una moldura corrida que a su vez apoya en pilastras de orden corintio con funciones decorativas. Un zócalo de azulejos de Alcora de aproximadamente un metro de altura, realizados en el siglo XVIII y decorados con motivos geométricos, cubre perimetralmente el interior de toda la capilla. Preside la capilla un retablo de inspiración barroca de Francisco Hurtado Soto (siglo XX) con una gran imagen del Sagrado Corazón de Jesús en el interior de una hornacina, obra de José Arnal García. Flanqueando el retablo encontramos dos óleos sobre lienzos, el de la izquierda Jesús Niño entre los doctores de la ley del pintor Esteban March (ca.1610-1668) y el de la derecha La Adoración de los Magos.

En los muros laterales de la capilla encontramos cuatro óleos sobre lienzos. A la izquierda la Adoración de los Magos y Jesús expulsando a los mercaderes del templo. A la derecha la Adoración de los pastores y Jesús Niño entre los doctores del templo, todos ellos de la escuela valenciana del siglo XVIII. Sobre la portada de entrada un pequeño lienzo de un santo portando un cáliz.

Sobre la mesa del altar, el sagrario conserva una pequeña pintura representando a Cristo en la figura del Buen Pastor, obra de Vicente López Portaña. A ambos lados podemos encontrar dos pequeñas figuras plateadas con los titulares del templo, Santo Tomás Apóstol y San Felipe Neri y en la parte superior un pelicano dando de comer a sus crías (símbolo eucarístico).

Fotos gentileza de: Miguel Sancho Mengod

En los muros laterales podemos ver dos lápidas conmemorativas, a la izquierda la de don Luis Crespi, fundador del Oratorio en Valencia y a la derecha del oratoriano Domingo Sarrió, aunque los mismos no están enterrados en el lugar.

La lápida de Luis Crespí dice así: D.O.M. / In hoc / a se erectae Congregationis Sacello, / Quem virtus evexit / non jacet, / Qui tot exanlavit labores / Quiescit, / Ludovicus, / Nomen, quo Crespi, Valdaura, Borja, / Cognomina superbiunt. / Regius orator, / Oriolensis, ac Placentinus, / non tam Episcopus, quam Apostolus, / Vox, tuba, sonus, victoria; / Victoria solus victis. / Pro Immunitate Deiparae Roman legatus / A Philippo IV ad Alexandrum VII. / Quod fecit, confecit. / Quem inscriptus hic lapis monumenti negat, / Scriptorum suorum tibi et fors miracula / produnt. / Coelo patuit quo nos latuit / Die XIX Aprilis M.DC.LXIII. / Aetatis suae LV / Non plenus diebus, ast diebus plenis.

La lápida de don Domingo Sarriá dice así: D.O.M / Post contumaces XX, annorum vigilias / nunc primum jacet, sed in tumulo; / Dormit, sed in domino / V.V.D. Dominicus Sarrió, Presbyter. / Quid ultra? / Solo nomine, faxit Deus, quasi nomine / Aram feci lapidem, Magnetem verenationis reddidi saxum. / Nerii filius. / Omnia ejus exhausit lineamenta virtutum. / Theologiae, ac divinae sapientiae ore doctor, / more, et amore professor: / Solum in ea indissolubile dubium reliquit; / Quo praestaret, virtute, an doctrina? / Ad Segobricenses infulas bisvocatus, / Valentinas meritus / Parthicá fugá parlam retulit victoriam. / Mariani candoris / Ardens cultor et propagator / non minus se solvit in flammas, quam in linguas . / Lilium Conceptionis in corde ejus florebat, / Sed inter paenitentiae spinas. / Tot animas e suggestu reduxit, / Ut itineratium tritam multitudine coeli semitam / Fecerit viam. / In eam abiit, dum obiit V.kal. Mart. M.DC.LXXVII / Aetatis non suae, sed virtutis LXVI.

Luis Crespí de Borja, nació en Valencia el 2 de mayo de 1607, se ordenó sacerdote en 1631, Obispo de Orihuela en 1651 y Obispo de Plasencia en 1658. Fue uno de los fundadores de la Orden de San Felipe Neri en Valencia. Falleció el 19 de abril de 1663. El venerable fray Domingo Sarrió había nacido en Alacúas en 1609. Ingreso en la Orden Oratoriana en 1647; fue nombrado obispo de Segorbe pero no quiso aceptar el nombramiento. Falleció en Valencia el 25 de febrero de 1677.

Cerca del Altar Mayor aún encontramos una tercera lápida, por ser esta capilla el lugar de enterramiento de Luisa María Frías Cañizares fallecida mártir el 6 de diciembre de 1936 y declarada Beata en 2001.

A través de la puerta lateral y por una escalera se sube a una planta superior situada encima de la Capilla de la Comunión y que en la actualidad es utilizada para reuniones parroquiales.