La iglesia de San Sebastian es lo único que nos queda del antiguo Convento de San Sebastian, demolido poco después de 1835 a raiz del abandono del Convento por parte de los monjes, como consecuencia de la orden de desalojo en aplicación de la ley de Desamortización de Mendizabal.

Este convento regido por monjes minimos de San Francisco de Paula, fué erigido en 1533 sobre terrenos pertenecientes a religiosos jerónimos del Monasterio de la Murta de Alzira. La primera iglesia del convento fué consagrada en 1547 y persistió hasta 1725 en que fué demolida para construir la actual iglesia.

El convento se levantó extramuros de la ciudad muy cercano a las Torres de Quart.

La parroquia de San Miguel fué erigida por el rey Jaime I el Conquistador a poco de la conquista de Valencia en 1238. Esta parroquia estaba situada en el Tossal, en el barrio del Carmen hasta que en 1902 fué demolida y la titularidad de la parroquia pasó a esta, denominandose desde ese momento como Iglesia de San Sebastian y San Miguel.

De esta antigua fábrica tenemos algún conocimiento por los dibujos de los planos de Mancelli (1608) y Tosca (1704) donde se nos describe con bastante precisión la planta del convento y su iglesia.

La actual iglesia fué iniciada el 7 de septiembre de 1726 y finalizada el 29 de septiembre de 1739. Sobre planos de José de Cardona y Pertusa (1672-1732) discipulo de Tosca, fueron sus maestros de obras José Padilla que falleció en 1728 y su sobrino Jaime Padilla que practicamente llevo el peso de la obra.

El templo declarado Monumento Histórico Artístico en 1981, está realizado en un estilo clasicista italianizante y vignolesco un tanto extraña a la tradición barroca valenciana propia de la época.

Su fachada principal formada por dos cuerpos de desigual altura, esta adornada con grandes pilares que sostienen el cuerpo superior. En su centro se abre la portada barroca y en el lado de la epistola sobre la misma fachada se alza la torre campanario obra de Carlos Carbonell Pañella realizada en 1906 en estilo historicista. Esta torre sustituye a otra anterior que se encontraba situada en el mismo lugar.

La portada de estilo barroco de las llamadas tipo retablo, está formada por dos cuerpos separados por una cornisa, dispone de una puerta adintelada a la que flanquean dos columnas doricas que apoyan en un alto basamento. Remata este primer cuerpo un fronton curvo partido, de cuyo centro nace el segundo cuerpo, que tiene un relieve con un simbolo eucaristico también flanqueado por dos columnas doricas. Remata este segundo cuerpo otro frontón partido de menores dimensiones.

La iglesia es de planta de cruz latina de una sola nave, de cuatro tramos, transepto no sobresaliente en planta, crucero, cúpula y cabecera semicircular. Dispone de capillas entre los contrafuertes, con cúpulas de media naranja sobre pechinas. El presbiterio se cubre con bóveda de cuarto de esfera. La iglesia tanto en su nave central como las del transepto se cierran con bóvedas de cañón con lunetos.

El crucero se cubre con una cúpula sobre alto tambor octogonal que apoya sobre pechinas. El tejado de la cúpula está muy peraltado y cierra con tejas vidriadas de color azul. Sobre ella una alta linterna con cupulita. Vista la iglesia desde el exterior este conjunto es el que más destaca sobre la iglesia por su alto tambor.

En el interior la decoración se centra en los elementos arquitectónicos ya que los elementos muebles se perdieron entre la Desamortizacion de Mendizabal y la Guerra Civil. Destaca el alto zócalo original de cerámica de las paredes obra de 1742 (siglo XVIII). Asi mismo la iglesia se alza en su interior sobre grandes pilastras estriadas de orden corintio. Las capillas laterales se abren a la nave central por grandes arcos de medio punto que apoyan sobre impostas. Las pinturas de las pechinas del crucero son obra de José Parreu (1694-1766) pintor valenciano del barrio de Ruzafa (pinturas suyas se encuentran en la Iglesia de San Vicente y San Valero de Ruzafa) y representan las cuatro virtudes cardinales. Las pinturas al fresco de la capilla mayor es obra moderna de Joaquin Michavilla Asensi pintor nacido en Alcora (Castellón) en 1926.

En la iglesia destacan dos capillas adosadas a la iglesia: la capilla del Beato Gaspar Bono y la de San Francisco de Paula.

La capilla de San Francisco de Paula se encuentra adosada al transepto de la nave del evangelio. Es de construcción un poco posterior al resto de la iglesia, tiene planta de cruz griega y se cubre con cúpula con lunetos que permite la entrada de luz y con pechinas trapezoidales.

En su retablo se conserva una tabla de San Francisco de Paula pintada por Vicente Macip (Andilla 1475-1550) de mediados del siglo XVI, mientras que las pinturas murales estan realizadas por José Llacer en 1744.

Esta capilla es la mejor conservada de toda la iglesia y destaca en lineas generales por su encontrarse enlucida en color blanco. A la derecha de la capilla en una hornacina encontramos una imagen de bulto redondo de San Sebastian (titular de la iglesia). y en su lado contrario otra de San Miguel.

Capilla del Beato Gaspar Bono construida en 1786 por el arquitecto Joaquin Martinez (1750-1813) es un estilo académico. Tiene su entrada a traves de una puerta situada a la izquierda del presbiterio. Tiene planta circular con cúpula y un camarin adosado rectangular. Está decorado con mármoles, estucos y dorados, mientras que la cúpula está rematada por una linterna cuyo tambor alterna oculos y medallones. En los plementos de la cúpula pinturas atribuidas a José Camaron en 1844 en alternancia con decoración de casetones. José Camarón Bonanat nació en Segorbe en 1731 y falleció en Valencia en 1803; destacando sobre todo por la obra realizada en la Iglesia Catedral de Segorbe, lugar donde habia nacido.

Tambien encontramos una tercera capilla de planta circular en la nave del evangelio, y en la cual podemos encontrar la pila bautismal de la iglesia.

Ya hemos comentado que en el transepto de la nave del evangelio encontramos la Capilla de San Francisco de Paula abierta en el muro, pero en su lado contrario de la nave de la epistola encontramos un retablo de inspiración neoclásica.